Identification and Genetic Assessment of the Pompano Based on the Molecular Markers

Received: 05-04-2019

Accepted: 14-06-2019

DOI:

Views

0

Downloads

0

Issue: Vol. 17 No. 3 (2019)

Section:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

How to Cite:

Ha, T., Giang, L., Trang, V., Nhat, P., & Van, Phan. (2024). Identification and Genetic Assessment of the Pompano Based on the Molecular Markers. Vietnam Journal of Agricultural Sciences, 17(3), 204–215. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/548

Identification and Genetic Assessment of the Pompano Based on the Molecular Markers

Tran Thi Thuy Ha (*) 1, 2 , Luu Thi Ha Giang 3 , Vu Thi Trang 3 , Pham Hong Nhat 3 ,  Phan Thi Van 3

  • 1 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
  • 2 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản - Đình Bảng, Từ Sơn, Bắc Ninh
  • 3 Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I

    • Keywords

    COI, microsatellite, Trachinotus ovatus, Pompanno, indentification, population genetics

    Abstract


    This study aimed to identify species andassessgenetic diversity of four pompano populations collected in Nha Trang, Vung Tau, Hai Phong and Quang Ninh. The molecular makers based on COI sequencing and microsatellite markers were applied. The results revealed that the sequences of the COI gene isolated form Vietnamese pompano were highly similar (99-100%) to the COI sequences of pompano Trachinotus ovatus(Genbank accession number: KF356397.1, HQ127346.1 and 10 KJ642220.1). Genetic diversity inferred from microsatellite markers indicated high allele polymorphism (average of 8-15.33 alleles) and high polymorphism information content (average of PIC values: 0.685-0.839). The coefficient of inbreeding Fis>0 was recorded in Hai Phong and Vung Tau populations, while Nha Trang and Quang Ninh fish populations contained low inbreeding coefficient with Fis <0. The genetic relationship reflected by Fst coefficient indicated the moderated level of genetic difference amongstfour populations, in which the Vung Tau population is more closely related to the populations of Hai Phong, Quang Ninh and Nha Trang. The analysis revealed an unclearpopulation structure according tothe Analysis of Molecular Variance (AMOVA)results. This study mightsupport for managing the stockof selective breeding program of the pompano.

    References

    Botstein D., White R.L., Skolnick M. & Davis R.W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human genetics.32(3): 314.

    Cruz P., IbarraA.M., Mejia-Ruiz H., Gaffney P.M. & Pérez-Enríquez R. (2004). Genetic variability assessed by microsatellites in a breeding program of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). Marine Biotechnology.6(2):157-164.

    Excoffier L. & Lischer H.E.L.(2010). Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources. 10: 564-567.

    ExcoffierL., Smouse P.E. &Quattro J.M. (1992). Analysis of molecular variance inferred from metric distances among dna haplotypes: Application to human mitochondrial dna restriction data. Genetics.131:479-491.

    Excoffier L., Laval G., & Schneider S. (2005). Arlequin: an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary bioinformatics, 1, 117693430500100003.

    FreitasP.D. & Jnr P. G. (2005). Assessment of the genetic diversity in five generations of a commercial broodstock line of Litopenaeus vannamei shrimp. African Journal of Biotechnology.4(12).

    Goudet J. FSTAT (Version 1.2)(1995). A computer program to calculate F-statistics.Journal of heredity. 86(6): 485-486.

    Guo L., Zhang N., Yang J.W., Guo H.Y., Zhu K.C., Liu B.S, Liu T.T&Zhang D.C. (2018). Comprehensive assessment of the genetic diversity and population structure of cultured populations of golden pompano, Trachinotus ovatus(Linnaeus, 1758), by microsatellites. Aquaculture international.26(6): 1445-1457.

    Hartl D.L &Clark A.G. (1997). Principles of population genetics. Sunderland, Massachusetts: Fourth Edition Sinauer Associates Google Scholar.

    Keskin E.&Atar H.H. (2013). DNA barcoding commercially important fish species ofTurkey. Molecular Ecology Resource. 13(5):788-797.

    LauneyS., Barre M., Gerard A. & Naciri-Graven Y. (2001). Population bottleneck and effective size in Bonamia ostreae-resistant populations of Ostrea edulis as inferred by microsatellite markers. Genetics Research. 78(3):259-270.

    Lưu Thị Hà Giang, Đặng Thị Nguyên, Trần ThịThúy Hà &Phan Thị Vân (2018). Thiết lập phản ứng multiplex PCR phục vụ nghiên cứu cá chim vây vàng (Trachinotus spp.)Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam.16(3): 232-240.

    Melo F.A., Vitor R.W.A., Gazzinelli R.T. & Melo M.N. (2006). Genetic analysis of natural recombinant Brazilian Toxoplasmagondii strains by multivị trí PCR-RFLP. Infection, Genetics and Evolution.6(1): 22-31.

    NeiM. (1972). Genetic distance between populations. The American Naturalist.106(949): 283-292.

    Nguyễn ThịHoa(2013). Báo cáo tổng kết đề tài “Nghiên cứu đánh giá vật liệu chọn giống nâng cao tốc độ sinh trưởng cá rô phi nuôi trong điều kiện nhiệt độ không tối ưu”. Chương trình Công nghệ Sinh học trong Nông nghiệp, Thủy sản.

    Nguyễn Thị Hương, Vũ Thị Trang, Nguyễn ThịMai, Lê Văn Toàn & Nguyễn Hữu Ninh (2016). Ứng dụng sinh học phân tử trong định danh loài cá chim vây vàng nuôi tại việt nam. Tạp chí Nông nghiệp và Nông thôn.7:102-109.

    Peakall R. &Smouse P.E. (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes.6:288-295.

    Phạm Anh Tuấn, Lê Quang Hưng &Nguyễn Thị Tần (2008). Đánh giá lựa chọn vật liệu chọn giống nâng cao tốc độ sinh trưởng cá rô phi nuôi vùng nước lợ mặn. Tạp chí Khoa học và Phát triển.6(2): 161-165.

    Sambrook J.& Russell D.W. (2001). Molecular cloning: A laboratory manual, the third edition.

    Sun L., ZhangD., Jiang S., Guo H. & ZhuC. (2013). Isolation and characterization of 21 polymorphic microstatellites in golden pompano Trachinotus ovatus. Conservation genetics resources. 5(4):1107-1109.

    Trần Thị Thúy Hà, Vũ Thị Trang, Nguyễn Hữu Ninh&Nguyễn Thị Hoa (2013a). Đánh giá đặc điểm các tổ hợp lai cá rô phi (Oreochromis niloticus) bằng chỉ thị phân tử microsatellite. Sách Báo cáo khoa học -Hội nghị khoa học công nghệ sinh học toàn quốc năm 2013.

    Trần Thị Thúy Hà, Nguyễn Thế Việt, Nguyễn Thị Hương&Nguyễn Hữu Đức (2013b). Tìm hiểu đặc điểm di truyền một số quần đàn tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei) nuôi tại Việt Nam bằng chỉ thị microsattelite. Tạp chí Khoa Học và Phát Triển. 11(6).

    Trịnh Quốc Trọng (2013). Báo cáo tổng hợp đề tài “Đánh giá các thông số di truyền và hình thành vật liệu ban đầu cho chọn giống cá rô phi đỏ (Oreochromis spp.)”.Chương trình công nghệ sinh học trong nông nghiệp, thủy sản.

    Ward R.,ZemlakT.,Innes B.,LastP. &Hebert P.(2005). DNA barcoding Australia's fish species. Philosophical transactions of the Royal Society of London Series B 360: 1847-1857. doi: 10,1098/rstb.2005.1716.

    Wright S. (1969) Evolution and the Genetics of Populations, Vol. 2. The Theory ofGene Frequencies. University of Chicago Press, Chicago, Illinois.

    Xie Z., Li S., Yao M., Lu D., Li Z., Meng Z., Zhang Y. &Lin H. (2014). The complete mitochondrial genome of the Trachinotus ovatus(Teleostei, Carangidae). Mitochondrial DNA. 26(4): 644-646.

    ZhenzhenX., Ling X., DengdongW., Chao F., Qiongyu L., Zihao L., XiaochunL., Yong Z., ShuishengL. & HaoranL. (2014). Transcriptome analysis of the Trachinotus ovatus: identification of reproduction, growth and immune-related genes and microsatellite markers. PloS one.9(10):p.e109419.