ĐỊNH DANH VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ CHIM VÂY VÀNG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ

Ngày nhận bài: 05-04-2019

Ngày duyệt đăng: 14-06-2019

DOI:

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 17 Số 3 (2019)

Chuyên mục:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

Cách trích dẫn:

Hà, T., Giang, L., Trang, V., Nhật, P., & Vân, Phan. (2024). ĐỊNH DANH VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ CHIM VÂY VÀNG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 17(3), 204–215. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/548

ĐỊNH DANH VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁ CHIM VÂY VÀNG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ

Trần Thị Thúy Hà (*) 1, 2 , Lưu Thị Hà Giang 3 , Vũ Thị Trang 3 , Phạm Hồng Nhật 3 ,  Phan Thị Vân 3

  • 1 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
  • 2 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản - Đình Bảng, Từ Sơn, Bắc Ninh
  • 3 Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I

    • Từ khóa

    Cá chim vây vàng, COI, định danh, di truyền quần thể, microsatellite, Trachinotus ovatus

    Tóm tắt


    Nghiên cứu này nhằm định danh loài và đa dạng di truyền bốn quần đàn cá chim vây vàng thu ở Nha Trang, Vũng Tàu, Hải Phòng và Quảng Ninh. Phương pháp sinh học phân tử dựa vào trình tự gen COI và chỉ thị microsatellite được áp dụng. Kết quả cho thấy trình tự vùng gen COI cá chim vây vàng thu được có độ tương đồng cao (99-100%) so với các trình tự COI của cá chim vây vàng Trachinotus ovatusđã được công bố với mã hiệu genbank KF356397.1, HQ127346.1 và 10 KJ642220,1. Đa dạng di truyền bằng chỉ thị phân tử microsatellite thể hiện mức đa hình alen cao (trung bình từ 8-15,33 alen) và mức độ đa hình của các microsatellite cao (chỉ số PIC trung bình đạt 0,685-0,839). Hệ số cận huyết Fis>0 được ghi nhận ở quần đàn cá chim Hải Phòng và Vũng Tàu, trong khi quần đàn cá Nha Trang và Quảng Ninhcó hệ số cận huyết thấp với Fis<0. Mối quan hệ di truyền được phản ánh qua hệ số Fst cho thấy sai khác di truyền giữa các quần đàn ở mức trung bình, trong đó quần đàn Vũng Tàu có quan hệ di truyền gần gũi với các quần đàn còn lại hơn khi so với quần đàn Hải Phòng, Quảng Ninh và Nha Trang. Các quần đàn cá nghiên cứu đều không cho thấy cấu trúc quần thể rõ ràng theo kết quả phân tích AMOVA. Những kết quả này là cơ sở khoa học hỗ trợ công tác hình thành nguồn vật liệu ban đầu cho các chương trình chọn giống cá chim vây vàng.

    Tài liệu tham khảo

    Botstein D., White R.L., Skolnick M. & Davis R.W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human genetics.32(3): 314.

    Cruz P., IbarraA.M., Mejia-Ruiz H., Gaffney P.M. & Pérez-Enríquez R. (2004). Genetic variability assessed by microsatellites in a breeding program of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). Marine Biotechnology.6(2):157-164.

    Excoffier L. & Lischer H.E.L.(2010). Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources. 10: 564-567.

    ExcoffierL., Smouse P.E. &Quattro J.M. (1992). Analysis of molecular variance inferred from metric distances among dna haplotypes: Application to human mitochondrial dna restriction data. Genetics.131:479-491.

    Excoffier L., Laval G., & Schneider S. (2005). Arlequin: an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary bioinformatics, 1, 117693430500100003.

    FreitasP.D. & Jnr P. G. (2005). Assessment of the genetic diversity in five generations of a commercial broodstock line of Litopenaeus vannamei shrimp. African Journal of Biotechnology.4(12).

    Goudet J. FSTAT (Version 1.2)(1995). A computer program to calculate F-statistics.Journal of heredity. 86(6): 485-486.

    Guo L., Zhang N., Yang J.W., Guo H.Y., Zhu K.C., Liu B.S, Liu T.T&Zhang D.C. (2018). Comprehensive assessment of the genetic diversity and population structure of cultured populations of golden pompano, Trachinotus ovatus(Linnaeus, 1758), by microsatellites. Aquaculture international.26(6): 1445-1457.

    Hartl D.L &Clark A.G. (1997). Principles of population genetics. Sunderland, Massachusetts: Fourth Edition Sinauer Associates Google Scholar.

    Keskin E.&Atar H.H. (2013). DNA barcoding commercially important fish species ofTurkey. Molecular Ecology Resource. 13(5):788-797.

    LauneyS., Barre M., Gerard A. & Naciri-Graven Y. (2001). Population bottleneck and effective size in Bonamia ostreae-resistant populations of Ostrea edulis as inferred by microsatellite markers. Genetics Research. 78(3):259-270.

    Lưu Thị Hà Giang, Đặng Thị Nguyên, Trần ThịThúy Hà &Phan Thị Vân (2018). Thiết lập phản ứng multiplex PCR phục vụ nghiên cứu cá chim vây vàng (Trachinotus spp.)Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam.16(3): 232-240.

    Melo F.A., Vitor R.W.A., Gazzinelli R.T. & Melo M.N. (2006). Genetic analysis of natural recombinant Brazilian Toxoplasmagondii strains by multivị trí PCR-RFLP. Infection, Genetics and Evolution.6(1): 22-31.

    NeiM. (1972). Genetic distance between populations. The American Naturalist.106(949): 283-292.

    Nguyễn ThịHoa(2013). Báo cáo tổng kết đề tài “Nghiên cứu đánh giá vật liệu chọn giống nâng cao tốc độ sinh trưởng cá rô phi nuôi trong điều kiện nhiệt độ không tối ưu”. Chương trình Công nghệ Sinh học trong Nông nghiệp, Thủy sản.

    Nguyễn Thị Hương, Vũ Thị Trang, Nguyễn ThịMai, Lê Văn Toàn & Nguyễn Hữu Ninh (2016). Ứng dụng sinh học phân tử trong định danh loài cá chim vây vàng nuôi tại việt nam. Tạp chí Nông nghiệp và Nông thôn.7:102-109.

    Peakall R. &Smouse P.E. (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes.6:288-295.

    Phạm Anh Tuấn, Lê Quang Hưng &Nguyễn Thị Tần (2008). Đánh giá lựa chọn vật liệu chọn giống nâng cao tốc độ sinh trưởng cá rô phi nuôi vùng nước lợ mặn. Tạp chí Khoa học và Phát triển.6(2): 161-165.

    Sambrook J.& Russell D.W. (2001). Molecular cloning: A laboratory manual, the third edition.

    Sun L., ZhangD., Jiang S., Guo H. & ZhuC. (2013). Isolation and characterization of 21 polymorphic microstatellites in golden pompano Trachinotus ovatus. Conservation genetics resources. 5(4):1107-1109.

    Trần Thị Thúy Hà, Vũ Thị Trang, Nguyễn Hữu Ninh&Nguyễn Thị Hoa (2013a). Đánh giá đặc điểm các tổ hợp lai cá rô phi (Oreochromis niloticus) bằng chỉ thị phân tử microsatellite. Sách Báo cáo khoa học -Hội nghị khoa học công nghệ sinh học toàn quốc năm 2013.

    Trần Thị Thúy Hà, Nguyễn Thế Việt, Nguyễn Thị Hương&Nguyễn Hữu Đức (2013b). Tìm hiểu đặc điểm di truyền một số quần đàn tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei) nuôi tại Việt Nam bằng chỉ thị microsattelite. Tạp chí Khoa Học và Phát Triển. 11(6).

    Trịnh Quốc Trọng (2013). Báo cáo tổng hợp đề tài “Đánh giá các thông số di truyền và hình thành vật liệu ban đầu cho chọn giống cá rô phi đỏ (Oreochromis spp.)”.Chương trình công nghệ sinh học trong nông nghiệp, thủy sản.

    Ward R.,ZemlakT.,Innes B.,LastP. &Hebert P.(2005). DNA barcoding Australia's fish species. Philosophical transactions of the Royal Society of London Series B 360: 1847-1857. doi: 10,1098/rstb.2005.1716.

    Wright S. (1969) Evolution and the Genetics of Populations, Vol. 2. The Theory ofGene Frequencies. University of Chicago Press, Chicago, Illinois.

    Xie Z., Li S., Yao M., Lu D., Li Z., Meng Z., Zhang Y. &Lin H. (2014). The complete mitochondrial genome of the Trachinotus ovatus(Teleostei, Carangidae). Mitochondrial DNA. 26(4): 644-646.

    ZhenzhenX., Ling X., DengdongW., Chao F., Qiongyu L., Zihao L., XiaochunL., Yong Z., ShuishengL. & HaoranL. (2014). Transcriptome analysis of the Trachinotus ovatus: identification of reproduction, growth and immune-related genes and microsatellite markers. PloS one.9(10):p.e109419.