Received: 08-04-2019
Accepted: 22-04-2019
DOI:
Views
Downloads
How to Cite:
Assessment of Genetic Diversity ofLac Son Chicken using Microsatellite Markers
,
Nguyen Van Ba
1
Keywords
Microsatellitemarkers, genetic diversity, genetic differentiation, Lac Son chicken
Abstract
The objective of this study was to assess genetic diversity and genetic differentiationbetween Lạc Sơn chicken and other native chicken breeds using 20 microsatellite markers. The resultsindicated that microsatellite markers studied werepolymophic with an average of 6.73 alleles/locus. The genetic diversity of Lạc Sơn chicken was on theaverage level with the expected heterozygosity of 0.60 and the number of alleles/locus was 6.05.The inbreeding coefficient of Lac Son chicken was very low. The lowestgenetic distance was found between Lạc Sơn chicken and Đông Tảo chicken but the highestgenetic distance was found between Lạc Sơn chicken and Tai đỏ chicken.Sub-structuring of the Vietnamese chicken breeds was related to their geographical distributiondistance. Three chicken breeds, viz. Ri, Đong TaoandMia,in the Red River Delta were in the same group, while Lac Son chicken in the northern central region was seperatedand different from Tai Đỏ chicken (Red Jungle Fowl) breed.
References
Abebe A.S., S. Mikko & A.M. Johansson (2015). Genetic diversity of five local Swedish chicken breeds detected by microsatellite markers. PloS One. 10:e0120580-e0120580. doi:10.1371/journal.pone.0120580.
Belkhir K., P. Borsa, L. Chikhi, N. Raufaste & F. Catch (2004). GENETIX 4.0.5.2, Population genetics software for Windows TM. Université de Montpellier II. Montpellier. http://www.genetix.univ-montp2.fr/genetix/genetix.htm
Berthouly C., G. Leroy, T.N. Van, H.H. Thanh, B. Bed’Hom, B.T. Nguyen, C.V. Chi, F. Monicat, M. Tixier-Boichard, E. Verrier, J.-C. Maillard, and X. Rognon (2009). Genetic analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations. BMC Genet. 10:1. doi:10.1186/1471-2156-10-1.
Cuc, N. T. K., H. Simianer, H. Eding, H. V. Tieu, V. C. Cuong, C. B. A. Wollny, L. F. Groeneveld, and S. Weigend (2010). Assessing genetic diversity of Vietnamese local chicken breeds using microsatellites. Anim. Genet. 41: 545-547.
Dorji N., M. Daungjinda&Y. Phasuk (2011). Genetic characterization of Thai indigenous chickens compared with commercial lines. Trop. Anim. Health Prod. 43:779-785.
FAO (2007). Global Plan of Action for Animal Genetic Resources and the Interlaken Declaration. Rome. http://www.fao.org/ ag/againfo/ programmes/en/ genetics/documents/ Interlaken/GPA_en.pdf).
Fathi, M. M., I. Al-Homidan, M. I. Motawei, O. K. Abou-Emera, and M. F. El-Zarei (2017). Evaluation of genetic diversity of Saudi native chicken populations using microsatellite markers. Poult. Sci. 96:530-536.
Fathi, M., El-Zarei, M., Al-Homidan. I., O Abou-Emera, O. (2018). Genetic diversity of Saudi native chicken breeds segregating for naked neck and frizzle genes using microsatellite markers. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences.31(12): 1871-1880.
Felsenstein J. (1993). PHYLIP (phylogeny inference package). Version 3.695. Department of Genetics, University of Washington, Seattle.
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
Granevitze Z., Hillel J., Chen G.H., Cuc N.T.K., Feldman M., Eding H. and Weigend S. (2007). Genetic diversity within chicken populations from different continents and management histories. Animal Genetics 38: 576-583.
Hoàng Xuân Thủy (2018). Báo cáotổng kết đề tài “Khai thác và phát triển gà rừng tai đỏ tại Cúc Phương”. Bộ Khoa học và Công Nghệ.
Jombart T. and Caitlin Collins (2015). A tutorial for Discriminant Analysis of Principal Components (DAPC) using adegenet 2.0.0 (http://adegenet.r-forge.r-project.org/files/tutorial-dapc.pdf)
KarsliT. and Murat Soner Balcýoðlu, M.S. (2018). Genetic characterization and population structure of six brown layer pure lines using microsatellite markers. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences.32(1): 49-57
Lê Thị Thúy (2010). Báo cáo tổng kết đề tài “Nghiên cứu sự sai khác di truyền một số giống gà nội bằng chỉ thị phân tử”. Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn.
Lyimo, C. M., A. Weigend, P. L. Msoffe, H. Eding, H. Simianer, and S. Weigend (2014.) Global diversity and genetic contributions of chicken populations from African, Asian and European regions. Anim. Genet. 45:836-848.
Mai Văn Minh (2017).Báo cáo kết quả nghiên cứu lưu giữ nguồn gen giống gà Lạc Sơn trong nông hộ tại xã Vĩnh Ninh, Quảng Ninh, Quảng Bình.
Nguyễn Văn Ba (2013). Đánh giá ADN/ khoảng cách di truyền của giống gà Ngón. Báo cáo kết quả bảo tồn và lưu giữ nguồn gen vật nuôi. Viện Chăn nuôi.
Ngô Thị Kim Cúc và Nguyễn Thanh Sơn (2018). Đánh giá đa dạng di truyền và sai khác di truyền của hai dòng gà Ri với một số giống gà nội khác. Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam.16(5): 473-480
Nguyễn Khắc Khánh (2015). Đặc điểm di truyền và khả năng sản xuất của gà Nhiều ngón. Luận văn thạc sỹ nông nghiệp. Học viện Nông nghiệp Việt Nam.
Nei, M. (1972). Genetic distance between populations. Am. Nat. pp. 283-292.
Okumo N.O., Ngeranwa J.J.N., Binepal Y.S., Kahi A.K., Bramwel W.W., Ateya L.O. &F.C. Wekesa (2017). Genetic diversity of indigenous chickens from selected areas in Kenya using microsatellite markers. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology. 15: 489-495.
Phạm Công Thiếu (2016). Báo báo kết quả bảo tồn nguồn gen vật nuôi năm 2016.Viện Chăn nuôi.
Tadano R., K. Kinoshita, M. Mizutani &M. Tsudzuki (2014). Comparison of microsatellite variations between Red Junglefowl and a commercial chicken gene pool. Poult. Sci. 93:318-325.