ĐẶC TRƯNG PHÂN TỬ NẤM Mycosphaerella berkeleyiGÂY BỆNH ĐỐM ĐEN LẠC TẠI NGHỆ AN

Ngày nhận bài: 05-09-2016

Ngày duyệt đăng: 30-10-2016

DOI:

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 14 Số 9 (2016)

Chuyên mục:

NÔNG HỌC

Cách trích dẫn:

Vi, N., Giang, H., Hoa, T., & Viên, N. (2024). ĐẶC TRƯNG PHÂN TỬ NẤM Mycosphaerella berkeleyiGÂY BỆNH ĐỐM ĐEN LẠC TẠI NGHỆ AN. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 14(9), 1312–1322. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1462

ĐẶC TRƯNG PHÂN TỬ NẤM Mycosphaerella berkeleyiGÂY BỆNH ĐỐM ĐEN LẠC TẠI NGHỆ AN

Ngô Thị Mai Vi (*) 1 , Hà Giang 2 , Trần Thị Như Hoa 2 , Nguyễn Văn Viên 3

  • 1 Khoa Nông lâm ngư, Trường đại học Vinh
  • 2 Trung tâm Nghiên cứu Bệnh cây Nhiệt đới, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 3 Khoa Nông học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Từ khóa

    Mycosphaerella berkeleyi, đốm đen lạc, Nghệ An, Việt Nam, Rep-PCR, ITS

    Tóm tắt


    Nghiên cứu này đã lần đầu tiên xác định được trình tự vùng ITS (Internal Transcribed Spacer) của 11 mẫu nấm đốm đen thu thập trên lạc năm 2013, chủ yếu tại tỉnh Nghệ An. Trình tự gen ITS của tất cả các mẫu nấm đều đồng nhất 100% với nhau và đồng nhất từ 99,7- 100% với loài Mycosphaerella berkeleyitrên GenBank. Kỹ thuật PCR dùng mồi thiết kế trên các chuỗi lặp (Rep-PCR, repetitive sequence primed PCR) với 3 bộ mồi được thiết kế trên các chuỗi lặp của vi khuẩn gồm chuỗi lặp đối song vùng không mã hóa (REP, repetitive extragenic palindromic), chuỗi lặp bảo thủ vùng liên gen (ERIC, enterobacterial repetitive intergenic consensus) và chuỗi BOX cũng đã được sử dụng để đánh giá mức độ đa dạng di truyền của 33 mẫu nấm đốm đen thu thập trên lạc, chủ yếu tại tỉnh Nghệ An. Phản ứng PCR dùng bộ mồi BOX đã tạo nhiều băng sản phẩm đa hình. Phân tích Rep-PCR đã chứng tỏ quần thể nấm đốm đen không đa dạng về di truyền. Không có mối quan hệ giữa các nhóm nấm được xác định dựa trên phân tích Rep-PCR và nguồn gốc thu thập mẫu cũng như đặc điểm hình thái.

    Tài liệu tham khảo

    Abdollahzadeh, J., and Zolfaghari, S. (2014). Efficiency of rep-PCR fingerprinting as a useful technique for molecular typing of plant pathogenic fungal species: Botryosphaeriaceae species as a case study. FEMS microbiology letters, 361: 144 - 157.

    Adiver, K. (2008). Studies on molecular variation in Phaeoisariopsis personata (Berk and M.A. Curtis) van Arx. causinglate leaf spot of groundnut (Arachis hypogaea L.). Master Thesis University of Agricultural Sciences, Dharwad (India).

    Adiver, S., Benagi, V., Byadgi, A., and Nadaf, H. (2009). Molecular variation in Phaeoisariopsis personata (Berk. and MA Curtis) van Arx causing late leaf spot of groundnut (Arachis hypogea L.). Karnataka Journal of Agricultural Sciences, 22: 336 - 339.

    Doyle, J. J., and Doyle, J. L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19: 11 - 15.

    Ebadi, M., Riahi, H., and Zare, R. (2014). Genetic diversity of Fusarium semitectum isolates from rice, using RAPD and REP - PCR markers. Mycologia Iranica, 1: 19 - 26.

    Ferrater, J. (2003). Analysis of genetic variation in strains of Cercospora canescens Ellis and Martin, the cause of leaf spot of mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) using Rep - PCR.

    Gillings, M., and Holley, M. (1997). Repetitive element PCR fingerprinting (rep‐PCR) using enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) primers is not necessarily directed at ERIC elements. Letters in Applied Microbiology, 25: 17 - 21.

    Goodwin, S. B., Dunkle, L. D., and Zismann, V. L. (2001). Phylogenetic analysis of Cercospora and Mycosphaerella based on the internal transcribed spacer region of ribosomal DNA. Phytopathology, 91: 648 - 658.

    Grichar, W., Besler, B., and Jaks, A. (1998). Peanut (Arachis hypogaea L.) Cultivar Response to Leaf Spot Disease Development UnderFour Disease Management Programs 1. Peanut Science, 25: 35 - 39.

    Gurel, F., Albayrak, G., Diken, O., Cepni, E., and Tunali, B. (2010). Use of Rep‐PCR for Genetic Diversity Analyses in Fusarium culmorum. Journal of phytopathology, 158: 387 - 389.

    Komatsu, T., Sumino, A., and Kageyama, K. (2001). Characterization of Verticillium dahliae isolates from potato on Hokkaido by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and REP-PCR analyses. Journal of General Plant Pathology, 67: 23 - 27.

    Kurose, D., Evans, H. C., Djeddour, D. H., Cannon, P. F., Furuya, N., and Tsuchiya, K. (2009). Systematics of Mycosphaerella species associated with the invasive weed Fallopia japonica, including the potential biological control agent M. polygoni - cuspidati. Mycoscience, 50: 179 - 189.

    Larkin, M. A., Blackshields, G., Brown, N., Chenna, R., McGettigan, P. A., McWilliam, H., Valentin, F., Wallace, I. M., Wilm, A., and Lopez, R. (2007). Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics, 23: 2947 - 2948.

    Matsumoto, M. (2014). Distribution analysis of population structures for Rhizoctonia solani AG - 1 IA in Japanese paddy field, using rep - PCR assay. Archives of Phytopathology and Plant Protection, 47: 1082 - 1088.

    Matsumoto, M., and Cuong, H. (2014). Genetic characterization of the rice sheath blight pathogen Rhizoctonia solani AG1 - IA in North Vietnam by rep - PCR and sequence analysis. Journal of Plant Pathology, 96: 377 - 380.

    McDonald, D., Subrahmanyam, P., Gibbons, R., and Smith, D. (1985). Early and Late Leaf Spots of Groundnut. Information Bulletin No. 21.

    Miller, I., Norden, A., Knauft, D., and Gorbet, D. (1990). Influence of Maturity and Fruit Yield on Susceptibility of Peanut to Cercosporidium personatum (Late Leafspot Pathogen) 1. Peanut Science, 17: 52 - 58.

    Muiru, W., Koopmann, B., Tiedemann, A., Mutitu, E., and Kimenju, J. (2010). Use of repetitive extragenic palindromic (REP), enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) and BOX sequences to fingerprint Exserohilum turcicum isolates. Journal of Applied Biosciences, 30: 1828 - 1838.

    Palencia, E. R., Klich, M. A., Glenn, A. E., and Bacon, C. W. (2009). Use of a rep - PCR system to predict species in the Aspergillus section Nigri. Journal of microbiological methods, 79: 1 - 7.

    Rademaker, J., Louws, F., Versalovic, J., De Bruijn, F., Kowalchuk, G., Head, I., Akkermans, A., and van Elsas, J. (2004). Characterization of the diversity of ecologically important microbes by rep - PCR genomic fingerprinting. Molecular microbial ecology manual, (1 + 2): 611 - 643.

    Schoch, C. L., Seifert, K. A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J. L., Levesque, C. A., Chen, W., Bolchacova, E., Voigt, K., and Crous, P. W. (2012). Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109: 6241 - 6246.

    Stewart, E. L., Liu, Z., Crous, P. W., and Szabo, L. J. (1999). Phylogenetic relationships among some cercosporoid anamorphs of Mycosphaerella based on rDNA sequence analysis. Mycological Research, 103: 1491 - 1499.

    Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., and Kumar, S. (2013). MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular biology and evolution, 30: 2725 - 2729.

    Toda, T., Hyakumachi, M., and Arora, D. K. (1999). Genetic relatedness among and within different Rhizoctonia solani anastomosis groups as assessed by RAPD, ERIC and REP - PCR. Microbiological research, 154: 247 - 258.

    Versalovic, J., Koeuth, T., and Lupski, R. (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to finerpriting of bacterial enomes. Nucleic acids research, 19: 6823 - 6831.

    Versalovic, J., Schneider, M., De Bruijn, F. J., and Lupski, J. R. (1994). Genomic fingerprinting of bacteria using repetitive sequence - based polymerase chain reaction. Methods in molecular and cellular biology, 5: 25 - 40.