Optimizaton and Evaluation of Multiplex PCR forAnalysis of Pompano(Trachinotusspp.)

Received: 04-04-2018

Accepted: 08-05-2018

DOI:

Views

2

Downloads

0

Issue: Vol. 16 No. 3 (2018)

Section:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

How to Cite:

Giang, L., Nguyen, D., Ha, T., & Van, P. (2024). Optimizaton and Evaluation of Multiplex PCR forAnalysis of Pompano(Trachinotusspp.). Vietnam Journal of Agricultural Sciences, 16(3), 232–240. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/438

Optimizaton and Evaluation of Multiplex PCR forAnalysis of Pompano(Trachinotusspp.)

Luu Thi Ha Giang (*) 1 , Dang Thi Nguyen 2 , Tran Thi Thuy Ha 3, 4 , Phan Thi Van 1

  • 1 Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản
  • 2 Khoa Công nghệ sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 3 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
  • 4 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản - Đình Bảng, Từ Sơn, Bắc Ninh

    • Keywords

    Genotyping, microsatellite, multiplex PCR, Trachinotusspp

    Abstract


    In this study, fifteen microsatellite markers were used to optimize a protocol for analyzing genetic diversityof pompano (Trachinotusspp.). Seven single markers were successfully optimized for short fin Pompano and four markers were optimized for long fin pompano. Three multiplex PCR reactionsincludingtwo multiplex pools for short fin Pompano and one pool for long fin pompano were developed which composed of nine fluorescent-labeled markers. Fragment analysis process was successfully established with three pools of microsatellite markerscorresponding to nine loci. Genotyping results revealedpolymorphism in eight loci (EC-7; EC-9; EC-10; EC-17; EC-20; EC-28; TB018; TBG030) with the number of alleles rangingfrom 3 to 6, whereas locus TO67 showed monomorphisms. Thesefindingsimportantlycontributeto the understanding of genetic diversity in pompano.

    References

    Bùi Thị Liên Hà, Lê Chính, Nguyễn Điền và Trịnh Quốc Trọng (2011). Đánh giá đa dạng di truyền các dòng cá Rô Phi Đỏ (Oreochromis spp.) bằng microsatellite. http://fof.hcmuaf.edu.vn/data/file/ _%20BTL%20Ha_TQ%20Trong-RIA2-Da%20 dang%20di%20truyen_ca%20ro%20phi%20do_microsatellite.pdf. Truy cậpngày 23/3/2018.

    Chu Chí Thiết, Nguyễn Quang Huy, Nguyễn Thị Lệ Thủy, Phạm Quốc Hùng, I. Lund (2016). Nghiên cứu thay thế protein bột cá bằng protein bột đậu nành trong thức că cho cá chim vây vàng (Trachinotus falcatus Linnaeus, 1758) giai đoạn giống.Tạp chí Khoa học - Công nghệ Thủy sản, Đại học Nha Trang, 4: 125-132.

    Dương Thùy Yên và Phạm Trang Nhung (2015). Đa dạng di truyền của dòng cá rô đầu vuông (Anabas testudineus) nuôi ở Hậu Giang. Tạp chí phát triểnKhoa học và Công nghệ, 20: 37-45.

    Trần Thị Thúy Hà, Nguyễn Thế Việt, Nguyễn Thị Hương, Nguyễn Hữu Đức (2013). Tìm hiểu đặc điểm di truyền một số quần đàn tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei) nuôi tại Việt Nam bằng chỉ thị microsattelite. Tạp chí Khoa học và Phát triển, 6(11): 797-803.

    Freitas P.D., Jesus C.M., Galetti Jr.,P.M. (2007). Litopenaeus vannamei clone 5 microsatellite sequence. GenBank accession no. AY369258.

    Gong P., Li J., Yue H.G. (2008). Twelve novel microsatellite loci from an endangered marine fish species golden pompano Trachinotus blochii. Conserv Genet., 10: 1365-1367.

    Holleley C.E., Geerts P.G.(2009). Multiplex Manager 1.0: a cross-platform computer program that plans and optimizes multiplex PCR.Biotechniques,46(7):511-517.

    Litt M., Luty J.A. (1989). A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. Am. J. Hum. Genet., 44: 379-401.

    Shao C.W., Liao X.L., Tian Y.S.,Chen S.L. (2009). Microsatellite maker analysis of genetic structures of three populations of cultured Japanese flounder Paralichthys olivaceus. Prog. Fish. Sci., 30: 41-46.

    Sun L., Zhang D., Jian, S., Guo H., Zhu C. (2013). Isolation and characterization of 21 polymorphic microstatellitesin golden pompano Trachinotus ovatus. Conservation Genet Resour., 5: 117-1109.

    Peakall R.,Smouse P.E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics, 28: 2537-2539.