Analysis of Genetic Diversity inLocal Sticky Rice Basedon Morphological Characteristics and SSR Markers

Received: 25-07-2015

Accepted: 05-05-2016

DOI:

Views

3

Downloads

0

Issue: Vol. 14 No. 4 (2016)

Section:

NÔNG HỌC

How to Cite:

Quynh, D., Hao, N., Hien, V., & Quang, T. (2024). Analysis of Genetic Diversity inLocal Sticky Rice Basedon Morphological Characteristics and SSR Markers. Vietnam Journal of Agricultural Sciences, 14(4), 527–538. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/280

Analysis of Genetic Diversity inLocal Sticky Rice Basedon Morphological Characteristics and SSR Markers

Doan Thanh Quynh (*) 1 , Nguyen Thi Hao 2 , Vu Thi Thu Hien 3 , Tran Van Quang 4, 3

  • 1 Trường Cao đẳng Kinh tế - Kỹ thuật Điện Biên
  • 2 Viện nghiên cứu và phát triển cây trồng, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 3 Khoa Nông học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 4 Viện Nghiên cứu và Phát triển cây trồng, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Keywords

    Alleles, genetic diversty, genetic resources, local sticky rice

    Abstract


    The genetic relationship analysis of local sticky riceis very importantfor genetic resource management, conservation and new varietal developemnt. The experiment was conducted in Dien Bien district, Dien Bien province to assess agronomicalcharacteristics and genetic diversity of 42 assessionsof local sticky rice. Results showed that the accessionshadrelatively diversegrowth duration, largely of medium-maturitygroup; medium to tallplant type, and the majority of accessions had medium to high 1000 grainweight. Based on the analysis of 14 phenotypical traits at dissimilarity coefficient of 0.0742 accessions weredivided into 11 different groups. In addition, the genetic analysis with 38 SSR markersdetected a total of 106 alleleswith35 polymorphic markersandan average of 3.03 alleles per locus. The polymorphic information content (PIC) values ranged from 0.08 to 0.84, with an average of 0.5. Genetic similarity coefficient of 42 studied rice varieties ranged from 0.63 to 0.97. The results of this study provide important information for breeding research onsticky rice in Vietnam.

    References

    Bùi Huy Đáp (1980). Các giống lúa ở Việt Nam. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội, 563 trang.

    DeWoody J A, Honeycutt R L, Skow LC (1995). Microsatellite markers inwhite-tailed deer. J. Hered., 86: 317-319.

    Doyle, J J. and J L. Doyle (1987). A rapid DNA isolationprocedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull., 19: 11-15.

    Đoàn Thị Thùy Linh, Nguyễn Văn Khoa (2013). Đa dạng di truyền một số mẫu giống lúa địa phương vùng Tây Bắc dựa trên đặc điểm hình thái. Hội nghị khoa học toàn quốc về sinh thái và tài nguyên sinh vật lần thứ V, tr. 1132-1139.

    IPGRI (2001). Design and analysis of evaluation trails of genetic resources collections, IPGRRI Via dei Tre Denari 472/a 00057 Maccarese, Rome Italy, ISN 92-9043-505-4.

    IRRI (2002). Standard Evaluation System for Rice, Manila, Philipines.

    LapitanC. V., Darshan S. B., Toshinori A. and Redona D.E. (2007). Assessment of genetic diversity of Philippine rice cultivars carrying good quality traits using SSR markers. Breed. Sci., 57: 263-270.

    Lã Tuấn Nghĩa, Trần Danh Sửu, Lê Khả Tường, Lưu Quang Huy, Vũ Linh Chi, Vũ Văn Tùng, Hoàng Thị Huệ (2011). Tài nguyên thực vật Việt Nam: Thành tựu và Kế hoạch bảo tồn vì Mục tiêu phát triển nông nghiệp bền vững và An ninh lương thực. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam.

    Ma H., Yin Y., GuoZ. F., Cheng L. J., Zhang L., Zhong M. and Shao G. J. (2011). Establishment of DNA finger printing of Liaojing series of japonica rice. MEJSR., 8(2): 384-392.

    Ngô Thị Hồng Tươi, Phạm Văn Cường và Nguyễn Văn Hoan (2014). Phân tích đa dạng di truyền của các mẫu giống lúa cẩm bằng chỉ thị SSR. Tạp chí Khoa học và Phát triển, 12(4): 485-494.

    Ravi M., Geethanjali S., Sameeyafarheen F. and Maheswaran M. (2003). Molecular Marker based on? Genetic Diversity Analysis in Rice (Oryza sativa L.) using RAPD and SSR markers. Euphytica, 133: 243-252.

    Powel W., Morgante M., Andre C., Hanafey M., Vogel J., Tingey S. and Rafalski A. (1996). Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR markers for germplasm analysis. Mol. Breed., 2(3): 225-238.

    Song Z. P., Xu X., Wang B., Chen J. K. and Lu B. R., (2003). Genetic diversityin the northernmost Oryza rufipogon populations estimated by SSR markers. Theor. Appl.Genet., 107: 1492-1499.

    Teixeira da Silva J. A., (2005). Molecular markers for phylogeny, breeding and ecology in agriculture. In: Thangadurai D., Pullaiah T., Tripathy L. (Eds) Genetic Resources and Biotechnology (Vol. III), Regency Publications, New Delhi, India,p. 221-256.

    Upadhyay P., Singh V. K., Neeraja C. N. (2011). Identification of genotype specific alleles and molecular diversity assessment of popular rice (Oryza sativa L.) varieties of India. Int. J. Plant Breed. Genet., 5(2): 130-140.

    Virk P. S., Newbury J. H., Bryan G. J., Jackson M. T., Ford-Lloyd B. V. (2000). Aremapped or anonymous markers more useful for assessing genetic diversity Theor. Appl.Genet., 100: 607-613.

    Weir B.S.(1996). Genetic data analysis II, 2nded. Sunderland, Massachusetts, Sinauer Associates, p. 377