Phân biệt hai loài cá trê (Clarias macrocephalusvà C. gariepinus) và con lai của chúng bằng phương pháp PCR-RFLP

Received: 08-05-2015

Accepted: 25-08-2015

DOI:

Views

0

Downloads

0

Issue: Vol. 13 No. 6 (2015)

Section:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

How to Cite:

Yen, D. (2024). Phân biệt hai loài cá trê (Clarias macrocephalusvà C. gariepinus) và con lai của chúng bằng phương pháp PCR-RFLP. Vietnam Journal of Agricultural Sciences, 13(6), 904–912. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1526

Phân biệt hai loài cá trê (Clarias macrocephalusvà C. gariepinus) và con lai của chúng bằng phương pháp PCR-RFLP

Duong Thuy Yen (*) 1

  • 1 College of Aquaculture and Fisheries, Can Tho University

    • Abstract


    Cá trê lai (Clarias macrocephalusx Clarias gariepinus) được nuôi phổ biến ở Việt Nam và có thể thất thoát ra ngoài môi trường tự nhiên. Việc xác định đúng cá thể con lai trở nên quan trọng trong quản lý nguồn lợi cũng như trong nuôi trồng thủy sản. Phân biệt con lai dựa vào hình thái thường không chính xác. Nghiên cứu này sử dụng phương pháp PCR-RFLP đối với gien ti thể (Cytochrome C oxidase subunit I, COI) và gien trong nhân (Rhodopsin, rho) để phân biệt con lai với hai loài bố mẹ. Mười hai mẫu cá (6 mẫu cho mỗi loài) và 3 mẫu cá trê lai nuôi được giải trình tự 2 gien trên. Sau đó, trình tự gien của hai loài được sắp xếp thẳng hàng để tìm enzym cắt giới hạn đặc trưng cho loài. Hai enzym SpeI và XcmI được chọn để cắt hai gien tương ứng, COI và rho. Kết quả khẳng định cá trê vàng C. macrocephaluslà loài cá mẹ của con lai đang được nuôi hiện nay. Chromatogram và phân đoạn gien rho sau khi bị cắt bởi enzym XcmI của con lai thể hiện đặc điểm trung gian của hai loài bố mẹ. Như vậy, phương pháp phân tích PCR-RFLP gien COI và rho là phương pháp hiệu quả và chính xác để xác định từng cá thể cá trê lai.

    References

    Bartley, D. M., K. Rana, and A. J. Immink (2000). The use of inter-specific hybrids in aquaculture and fisheries. Reviews in Fish Biology and Fisheries, 10(3): 325 - 337.

    Bernardo, J. (1996). The particular maternal effect of propagule size, especially egg size: patterns, models, quality of evidence and interpretations. American Journal of Zoology, 36: 216 - 236.

    Chen, W. J., C. Bonillo, and G. Lecointre (2003). Repeatability of clades as a criterion of reliability: A case study for molecular phylogeny of Acanthomorpha (Teleostei) with larger number of taxa. Molecular Phylogenetics and Evolution, 26(2): 262 - 288.

    Chen, W.-J., G. Ortí, and A. Meyer (2004). Novel evolutionary relationship among four fish model systems. Trends in genetics : TIG, 20(9): 424 - 31.

    Chen, W.-J., M. Miya, K. Saitoh, and R. L. Mayden (2008). Phylogenetic utility of two existing and four novel nuclear gene loci in reconstructing Tree of Life of ray-finned fishes: the order Cypriniformes (Ostariophysi) as a case study. Gene, 423(2): 125 - 34.

    Collins, R. A., K. F. Armstrong, R. Meier, Y. Yi, S. D. J. Brown, R. H. Cruickshank, S. Keeling, and C. Johnston (2012). Barcoding and border biosecurity: Identifying cyprinid fishes in the aquarium trade. PLoS ONE 7. e28381.

    Cucherousset, J., and J. D. Olden. (2011). Ecological Impacts of Non-native Freshwater Fishes. Fisheries, 36(5): 215 - 230.

    Do Prado, F. D., D. T. Hashimoto, J. A. Senhorini, F. Foresti, and F. Porto-Foresti. (2012). Detection of hybrids and genetic introgression in wild stocks of two catfish species (Siluriformes: Pimelodidae): The impact of hatcheries in Brazil. Fisheries Research, 125: 300 - 305.

    FAO (1997). FAO database on introduced aquatic species. FAO Database on Introduced Aquatic Species, FAO, Rome.

    Fitzgibbon, J., A. Hope, S. J. Slobodyanyuk, J. Bellingham, J. K. Bowmaker, and D. M. Hunt. (1995). The rhodopsin-encoding gene of bony fish lacks introns. Gene, 164(2): 273 - 277.

    Garte, S. J. (1993). Molecular Environmental Biology. Taylor & Francis.

    Gozlan, R. E., J. R. Britton, I. Cowx, and G. H. Copp (2010). Current knowledge on non-native freshwater fish introductions. Journal of Fish Biology, 76(4): 751 - 786.

    Hashimoto, D. T., F. F. Mendonça, J. A. Senhorini, J. Bortolozzi, C. de Oliveira, F. Foresti, and F. Porto-Foresti (2010). Identification of hybrids between Neotropical fish Leporinus macrocephalus and Leporinus elongatus by PCR-RFLP and multiplex-PCR: Tools for genetic monitoring in aquaculture. Aquaculture 298(3 - 4):346 - 349.

    Hashimoto, D. T., J. A. Senhorini, F. Foresti, P. Martinez, and F. Porto-Foresti (2014). Genetic Identification of F1 and Post-F1 Serrasalmid Juvenile Hybrids in Brazilian Aquaculture. Plos One, 9(3). e89902. doi:10.1371/journal.pone.0089902

    Ivanova, N. V., T. S. Zemlak, R. H. Hanner, and P. D. N. Hebert (2007). Universal primer cocktails for fish DNA barcoding. Molecular Ecology Notes, 7: 544 - 548.

    Kochzius, M., C. Seidel, A. Antoniou, S. K. Botla, D. Campo, A. Cariani, E. G. Vazquez, J. Hauschild, C. Hervet, S. Hjörleifsdottir, G. Hreggvidsson, K. Kappel, M. Landi, A. Magoulas, V. Marteinsson, M. Nölte, S. Planes, F. Tinti, C. Turan, M. N. Venugopal, H. Weber, and D. Blohm (2010). Identifying fishes through DNA barcodes and microarrays. PLoS ONE, 5: 1 - 15.

    Larmuseau, M. H. D., T. Huyse, K. Vancampenhout, J. K. J. Van Houdt, and F. A. M. Volckaert (2010). High molecular diversity in the rhodopsin gene in closely related goby fishes: A role for visual pigments in adaptive speciation? Molecular phylogenetics and evolution, 55(2): 689 - 98.

    Leprieur, F., S. Brosse, E. Garcia-Berthou, T. Oberdorff, J. D. Olden, and C. R. Townsend (2009). Scientific uncertainty and the assessment of risks posed by non-native freshwater fishes. Fish and Fisheries, 10: 88 - 97.

    López, J. A., W.-J. Chen, and G. Ortí. (2004). Esociform Phylogeny. Copeia,3: 449 - 464

    Na-Nakorn, U., W. Kamonrat, and T. Ngamsiri. 2004. Genetic diversity of walking catfish, Clarias macrocephalus, in Thailand and evidence of genetic introgression from introduced farmed C.gariepinus. Aquaculture, 240(1 - 4): 145 - 163.

    Porto-Foresti, F., D. T. Hashimoto, F. D. Prado, J. A. Senhorini, and F. Foresti. (2013). Genetic markers for the identification of hybrids among catfish species of the family Pimelodidae. Journal of Applied Ichthyology, 29(3): 643 - 647.

    Senanan, W., A. R. Kapuscinski, U. Na-Nakorn, and L. M. Miller. (2004). Genetic impacts of hybrid catfish farming (Clarias macrocephalus x C. gariepinus) on native catfish populations in central Thailand. Aquaculture, 235(1 - 4): 167 - 184.

    Shen, X. X., D. Liang, Y. J. Feng, M. Y. Chen, and P. Zhang. (2013). A Versatile and Highly Efficient Toolkit Including 102 Nuclear Markers for Vertebrate Phylogenomics, Tested by Resolving the Higher Level Relationships of the Caudata. Molecular Biology and Evolution. Mol Biol Evol., 30(10): 2235 - 48.

    Sittikraiwong, P. (1987). Karyotype of the hybrid between Clarias macrocephalus Gunther and Pangasius sutchi Fowler. M.Sc. Thesis. Fisheries Department Kasetsart University.

    Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski, and S. Kumar. (2013). MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30: 2725 - 2729.

    Teugels, G. G., M. Legendre, and H. Le Thanh (1998). Preliminary results on the morphological characterisation of natural populations and cultured strains of Clarias species (Siluriformes, Clariidae) from Viet Nam. The biological diversity and aquaculture of clariid and pangasiid catfishes in South-East Asia. Proceedings of the mid-term workshop of the “Catfish Asia Project.”, p. 27 - 30.

    Teugels, G. G., C. Ozouf-costz, M. Legendre, and M. Parrent. (1992). A karyological analysis of the artificial hybridization between Clarias gariepinus (Burchell, 1822) and Heterobranchus longifilis Valenciennes, 1840 (Pisces; Clariidae). Journal of Fish Biology, 40(1): 81 - 86.

    Vaini, J. O., A. B. Grisolia, F. D. do Prado, and F. Porto-Foresti. (2014). Genetic identification of interspecific hybrid of Neotropical catfish species (Pseudoplatystoma corruscans vs. Pseudoplatystoma reticulatum) in rivers of Mato Grosso do Sul State, Brazil. Neotropical Ichthyology, 12(3): 635 - 641.

    Visoottiviseth, P., A. Sungpetch, and N. Pongthana. (1997). Karyotype of hybrid catfish (Clarias macrocephalus x C. gariepinus). Journal of science society of Thailand, 24: 57 - 63.

    Ward, R. D., T. S. Zemlak, B. H. Innes, P. R. Last, and P. D. N. Hebert. (2005). DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences, 360: 1847 - 1857.

    Zhang, L., T. J. Vision, and B. S. Gaut. (2002). Patterns of Nucleotide Substitution Among Simultaneously Duplicated Gene Pairs in Arabidopsis thaliana. Molecular Biology and Evolution, 19(9): 1464 - 1473.