Ngày nhận bài: 14-09-2021
Ngày duyệt đăng: 05-04-2022
DOI:
Lượt xem
Download
Cách trích dẫn:
GIẢI MÃ VÀ PHÂN TÍCH HỆ GEN CỦA PARVOVIRUS PHÂN LẬP ĐƯỢC TRÊN CHÓ TẠI MỘT SỐ TỈNH PHÍA BẮC VIỆT NAM
,
Trịnh Thị Bích Ngọc
1
,
Phạm Quang Hưng
1
,
Nguyễn Văn Tâm
1
,
Vũ Xuân Đăng
1
,
Bùi Trần Anh Đào
1
,
Lê Văn Phan
1
Từ khóa
Chó, Canine parvovirus type 2, giả mã bộ gen, CPV-2c
Tóm tắt
Canine Parvovirus type 2(CPV-2) là virus gây bệnh viêm ruột tiêu chảy cấp tính trên chó. CPV-2là một ADN virus và dựa trên trình tự gen VP2, CPV-2được chia thành 3 biến thể là CPV-2a, CPV-2b và CPV-2c. Hiện nay CPV-2c là biến thể đang lưu hành phổ biến trên thế giới cũng như Việt Nam. Trong nghiên cứu này, trình tự hệ gen của 8 chủng Parvovirus phân lập được từ chó tại một số tỉnh của miền Bắc trong giai đoạn 2018-2020 đã được giải trình tự. Kết quả giải trình tự hệ gen của các chủng virus trong nghiên cứu đã thu được trình tự gen có chiều dài là 4269 nucleotide (nt), trong đó trình tự gen mã hóa cho khung đọc mở (ORF) tương ứng với protein phi cấu trúc (nonstructural protein) là 2007 nt và protein cấu trúc (structural protein) là 2256 nt. Kết quả phân tích cây phả hệ dựa trên trình tự hệ gen cho thấy cả 8 chủng Parvovirus phân lập được từ chó trong nghiên cứu này đều thuộc CPV-2c, cùng nằm trong nhánh phát sinh thuộc genotype Asia-4. Trình tự hệ gen của Parvovirus gây bệnh trên chó thu được trong nghiên cứu này sẽ là nguồn dữ liệu gen quan trọng phục vụ các nghiên cứu về tiến hóa di truyền theo không gian và thời gian của các chủng Parvovirus đã và đang gây bệnh trên đàn chó tại Việt Nam.
Tài liệu tham khảo
Appel M., Cooper B., Greisen H., Scott F. & Carmichael L. (1979). Canine viral enteritis. I. Status report on corona-and parvo-like viral enteritides. The Cornell veterinarian. 69(3): 123-133.
Buonavoglia C., Martella V., Pratelli A., Tempesta M., Cavalli A., Buonavoglia D., Bozzo G., Elia G., Decaro1 N. &Carmichael L. (2001). Evidence for evolution of canine parvovirus type 2 in Italy. Journal of General Virology. 82(12): 3021-3025.
Charoenkul K., Tangwangvivat R., Janetanakit T., Boonyapisitsopa S., Bunpapong N., Chaiyawong S. & Amonsin, A. (2019). Emergence of canine parvovirus type 2c in domestic dogs and cats from Thailand. Transboundary and emerging diseases. 66(4): 1518-1528.
Chiang S.Y., Wu H.Y., Chiou M.T., Chang M.C. & Lin C.N. (2016). Identification of a novel canine parvovirus type 2c in Taiwan. Virology journal. 13(1): 1-7.
Doan H.T.T., Le X.T.K., Do R.T., Nguyen K.T. & Le T.H. (2021). Canine parvovirus type 2c in Vietnam continues to produce distinct descendants with new mutations restricted to Vietnamese variants. Archives of Virology. pp. 1-9.
Geng Y., Guo D., Li C., Wang E., Wei S., Wang Z., Yao S., Zhao X., Su M., Wang X., Wang J., Wu R., Feng L.& Sun D.(2015). Co-Circulation of the Rare CPV-2c with Unique Gln370Arg Substitution, New CPV-2b with Unique Thr440Ala Substitution, and New CPV-2a with High Prevalence and Variation in Heilongjiang Province, Northeast China. PLoS One. 10(9): e0137288.
Guo L., Yang S.l., Wang C.d., Hou R., Chen S.j., Yang, X.n., Zhang M.l. (2013). Phylogenetic analysis of the haemagglutinin gene of canine distemper virus strains detected from giant panda and raccoon dogs in China. Virology journal. 10(1): 1-7.
Hayes M., Russel R., Mueller R. & Lewis R. (1979). Myocarditis in young dogs associated with a parvovirus-like agent. The Canadian Veterinary Journal. 20(5): 126.
Hoang M., Lin W.H., Nga B.T.T., Chiou M.T. & Lin C.N. (2019). Molecular epidemiology of canine parvovirus type 2 in Vietnam from November 2016 to February 2018. Virology journal. 16(1): 1-11.
Kang B.K., Song D.S., Lee C.S., Jung K.I., Park S.J., Kim E.M. & Park B.K. (2008). Prevalence and genetic characterization of canine parvoviruses in Korea. Virus genes. 36(1): 127-133.
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C. & Tamura K. (2018). MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular biology and evolution. 35(6): 1547.
Lin Y.C., Chiang S.Y., Wu H.Y., Lin J.H., Chiou M.T., Liu H.F. & Lin C.N. (2017). Phylodynamic and genetic diversity of canine parvovirus type 2c in Taiwan. International journal of molecular sciences. 18(12): 2703.
Mira F., Dowgier G., Purpari G., Vicari D., Di Bella S., Macaluso G., Gucciardi F.,Randazzo V., Decaro N. &Guercio A. (2018a). Molecular typing of a novel canine parvovirus type 2a mutant circulating in Italy. Infection, Genetics and Evolution. 61: 67-73.
Mira F., Purpari G., Lorusso E., Di Bella S., Gucciardi F., Desario C., Macaluso G., Decaro N. & Guercio A. (2018b). Introduction of Asian canine parvovirus in Europe through dog importation. Transboundary and emerging diseases. 65(1): 16-21.
Moon B.Y., Jang J., Kim S.H., Kim Y.H., Lee H.K., So B., Park C.K & Lee K.K. (2020). Genetic characterization of canine parvovirus type 2c from domestic dogs in Korea. Transboundary and emerging diseases. 67(4): 1645-1653.
Nakamura M., Tohya Y., Miyazawa T., Mochizuki M., Phung H.T.T, Nguyen N.H. Huynh L.M.T., Nguyen L.T., Nguyen P.N., Nguyen P.V.,Nguyen N.P.T., Akashi H. (2004). A novel antigenic variant of Canine parvovirus from a Vietnamese dog. Archives of Virology. 149(11): 2261-2269.
Nguyen Manh T., Piewbang C., Rungsipipat A. & Techangamsuwan S. (2021). Molecular and phylogenetic analysis of Vietnamese canine parvovirus 2C originated from dogs reveals a new Asia‐IV clade. Transboundary and emerging diseases.
Niskanen E.A., Ihalainen T.O., Kalliolinna O., Häkkinen M.M., Vihinen-Ranta M. (2010). Effect of ATP binding and hydrolysis on dynamics of canine parvovirus NS1. Journal of virology. 84: 5391-5403.
Niskanen E.A., Kalliolinna O., Ihalainen T.O., Häkkinen M., Vihinen-Ranta M. (2013). Mutations in DNA binding and transactivation domains affect the dynamics of parvovirus NS1 protein. Journal of virology. 87: 11762-11774.
Ohshima T., Hisaka M., Kawakami K., Kishi M., Tohya Y. & Mochizuki M. (2008). Chronological analysis of canine parvovirus type 2 isolates in Japan. Journal of Veterinary Medical Science. 70(8): 769-775.
Parrish C.R., Aquadro C.F., Strassheim M., Evermann J., Sgro J. & Mohammed H. (1991). Rapid antigenic-type replacement and DNA sequence evolution of canine parvovirus. Journal of Virology. 65(12): 6544-6552.
Reed A.P., Jones E.V. & Miller T.J. (1988). Nucleotide sequence and genome organization of canine parvovirus. Journal of virology. 62(1): 266-276.
Simpson A.A., Chandrasekar V., Hebert B., Sullivan G.M., Rossmann M.G. & Parrish C.R. (2000). Host range and variability of calcium binding by surface loops in the capsids of canine and feline par-voviruses. Journal of Molecular Biology. 300(3): 597-610.
Truyen U. & Parrish C.R. (1992). Canine and feline host ranges of ca-nine parvovirus and feline panleukopenia virus: Distinct host cell tropisms of each virus in vitroand in vivo. Journal of Virology. 66(9): 5399-5408.
Vickers N.J. (2017). Animal communication: when i’m calling you, will you answer too? Current Biology. 27(14): R713-R715.
Wang D., Yuan W., Davis I. & Parrish C.R. (1998). Nonstructural protein-2 and the replication of canine parvovirus. Virology. 240: 273-281.
Wang J., Lin P., Zhao H., Cheng Y., Jiang Z., Zhu H., Wu H. &Cheng S. (2016). Continuing evolution of canine parvovirus in China: isolation of novel variants with an Ala5Gly mutation in the VP2 protein. Infection, Genetics and Evolution. 38: 73-78.
Zhao H., Wang J., Jiang Y., Cheng Y., Lin P., Zhu H., Han G.,Yi. L.,Zhang S., Guo L. & Cheng S. (2017). Typing of canine parvovirus strains circulating in North‐East China. Transboundary and emerging diseases. 64(2): 495-503.