Ngày nhận bài: 10-03-2020
Ngày duyệt đăng: 04-05-2020
DOI:
Lượt xem
Download
Cách trích dẫn:
PHÂN TÍCH CẤU TRÚC VÀ KHAI THÁC DỮ LIỆU BIỂU HIỆN CỦA HỌ GENE MÃ HÓA NHÂN TỐ PHIÊN MÃ TCP Ở CÂY BƯỞI (Citrus grandis)
,
Nguyễn Thu Hường
1, 2
,
Bùi Thị Thu Hương
2
,
La Việt Hồng
3
,
Lê Thị Ngọc Quỳnh
4
,
Phạm Phương Thu
3
,
Nguyễn Văn Lộc
5
Từ khóa
Citrus grandis, nhân tố phiên mã, TCP, cấu trúc, biểu hiện gene
Tóm tắt
Nhân tố phiên mã TCP là nhóm protein điều hòa quan trọng, được chứng minh tham gia vào quá trình sinh trưởng và phát triển ở thực vật. Tuy nhiên, chưa có ghi nhận nào về nhóm TCP ở bưởi (Citrus grandis). Vì vậy, mục tiêu của nghiên cứu này nhằm xác định và làm rõ về các đặc tính cơ bản của nhóm TCP ở bưởi. Kết quả cho thấy, tổng số 21 gene mã hóa TCP đã được xác định trên hệ gene của bưởi. Thông qua các công cụ tin sinh học, các TCP ở bưởi có đặc tính lý hóa rất đa dạng, có tính ưa nước, tương tự như ở các loài thực vật khác. Hầu hết họ gene CgTCPchỉ chứa 1 exon. Nhóm TCP ở bưởi có thể được chia làm 3 nhóm đặc trưng cho thực vật, bao gồm nhóm PCF1, CIN và CYC/TB1. Khai thác dữ liệu phiên mã của cam ngọt (C. sinensis) cho thấy các gene tương đồng với CgTCP02được tăng cường biểu hiện ở lá, hoa và quả. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những thông tin cơ bản về nhóm TCP ở bưởivà bước đầu đánh giá mức độ biểu hiện của gene mã hóa TCP ở các cơ quan, từ đó định hướng cho các phân tích chức năng gene sau này.
Tài liệu tham khảo
Chai W., Jiang P., Huang G., Jiang H.& Li X. (2017). Identification and expression profiling analysis of TCP family genes involved in growth and development inmaize. Physiol Mol Biol Plants.23(4):779-791.
Chu Đức Hà, La Việt Hồng, Trần Thị Thu Hiền, Phạm Phương Thu, Trần Danh Sửu&Phạm Thị Lý Thu (2018). Nghiên cứu xác định và phân tích cấu trúc của họ gen mã hóa yếu tố phiên mã TCP ở cam ngọt (Citrus sinensis) bằng công cụ tin sinh học. Hội nghị Công nghệ Sinh học toàn quốc năm 2018. tr. 34-39.
Chu Đức Hà, Nguyễn Thị Duyên, La Việt Hồng, Phạm Phương Thu, Trần Thị Phương Liên, Lê Hùng Lĩnh, Phạm Xuân Hội&Lê Tiến Dũng (2019). Phân tích đặc tính của nhân tố phiên mã TCP liên quan đến đáp ứng bất lợi ở sâm Hàn Quốc (Panax ginseng). Hội nghị Công nghệ Sinh học toàn quốc năm 2019. tr. 6-10.
Danisman S. (2016). TCP transcription factors at the interface between environmental challenges and the plant's growth responses. Frontier Plant Sci.7:1930.
Danisman S., van Dijk A.D., Bimbo A., van der Wal F., Hennig L., de Folter S., Angenent G.C.&Immink RG. (2013). Analysis of functional redundancies within the Arabidopsis TCP transcription factor family. J Exp Bot.64(18):5673-5685.
El-Gebali S.,Mistry J., Bateman A., Eddy S.R., Luciani A., Potter S.C., Qureshi M., Richardson L.J., SalazarG. A., Smart A., Sonnhammer E.L.L., Hirsh L., PaladinL., Piovesan D., Tosatto S.C.E.& Finn R.D. (2018). The Pfam protein families database in 2019. Nucleic Acids Res. 47(Database issue): D427-D432.
Feng Z.J., Xu S.C., Liu N., Zhang G.W., Hu Q.Z.&Gong Y.M. (2018). Soybean TCP transcription factors: Evolution, classification, protein interaction and stress and hormone responsiveness. Plant Physiol Biochem.127:129-142.
Francis A., Dhaka N., Bakshi M., Jung K.H., Sharma M.K.&Sharma R. (2016). Comparative phylogenomic analysis provides insights into TCP gene functions in Sorghum. Sci Rep.6:38488.
Gasteiger E., Gattiker A., Hoogland C., Ivanyi I., Appel R.D.&Bairoch A. (2003). ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis. Nucleic Acids Res.31(13):3784-3788.
Hall T.A. (1999). BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symp Ser.41:95-98.
Hu B., Jin J., Guo A. Y., Zhang H., Luo J.& GaoG. (2015). GSDS 2.0: An upgraded gene feature visualization server. Bioinformatics. 31(8):1296-1297.
Kumar S., Stecher G.& Tamura K. (2016). MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 forbigger datasets. Mol Biol Evol.33(7):1870-1874.
Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I. M.,Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J.&Higgins D.G. (2007). Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics.23(21):2947-2948.
Lei N., Yu X., Li S., Zeng C., Zou L., Liao W.&Peng M. (2017). Phylogeny and expression pattern analysis of TCP transcription factors in cassava seedlings exposed to cold and/or drought stress. Sci Rep.7(1):10016.
Manassero N.G., Viola I.L., Welchen E. & Gonzalez D.H. (2013). TCP transcription factors: Architectures of plant form. Biomol concepts.4(2): 111-127.
Martín-Trillo M.&Cubas P. (2010). TCP genes: a family snapshot ten years later. Trends Plant Sci.15(1):31-39.
Nicolas M.&Cubas P. (2016). TCP factors: new kids on the signaling block. Curr Opin Plant Biol.33:33-41.
Parapunova V., Busscher M., Busscher-Lange J., Lammers M., Karlova R., Bovy A.G., Angenent G.C.&de Maagd R.A. (2014). Identification, cloning and characterization of the tomato TCP transcription factor family. BMC Plant Biol.14:157.
Shi P., Guy K.M., WuW., Fang B., Yang J., Zhang M.&Hu Z. (2016). Genome-wide identification and expression analysis of the ClTCP transcription factors in Citrullus lanatus. BMC Plant Biol. 16:85.
Tran C.D., Chu H.D., Nguyen K.H., Watanabe Y., La H.V., Tran K.D.&Tran L.S.P. (2018). Genome-wide identification of the TCP transcription factor family in chickpea (Cicer arietinumL.) and their transcriptional responses to dehydration and exogenous abscisic acidtreatments. J Plant Growth Reg.37(4):1286-1299.
Wang X., Xu Y., Zhang S., Cao L., Huang Y., Cheng J., Wu G., Tian S., Chen C., Liu Y., Yu H., Yang X., Lan H., Wang N., Wang L., Xu J., Jiang X., Xie Z., Tan M., Larkin R.M., Chen L.L., Ma B. G., Ruan Y., Deng X.&Xu Q. (2017). Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual reproduction. Nat Genet.49(5):765-772.
Xu Q., Chen L.L., Ruan X., Chen D., Zhu A., Chen C., Bertrand D., Jiao W.B., Hao B.H., Lyon M.P., Chen J., Gao S., Xing F., Lan H., Chang J.W., Ge X., Lei Y., Hu Q., Miao Y., Wang L., Xiao S., Biswas M.K., Zeng W.,Guo F., Cao H., Yang X., Xu X.W., Cheng Y.J., Xu J., Liu J.H., Luo O.J., Tang Z., Guo W.W., Kuang H., Zhang H.Y., Roose M.L., Nagarajan N., Deng X.X.&Ruan Y. (2013). The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nat Genet.45(1):59-66.
Yao X., Ma H., Wang J.& Zhang D. (2007). Genome-wide comparative analysis and expression pattern of TCP gene families in Arabidopsis thalianaand Oryza sativa.J Integr Plant Biol.49(6):885-897.