ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ THEO KHÔNG GIAN VÀ THỜI GIAN CỦA PORCINE CIRCOVIRUS GENOTYPE 2D (PCV2D) LƯU HÀNH Ở VIỆT NAM

Ngày nhận bài: 04-05-2017

Ngày duyệt đăng: 09-06-2017

DOI:

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 15 Số 5 (2017)

Chuyên mục:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

Cách trích dẫn:

Quân, P., Hoạt, P., & Lệ, H. (2024). ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ THEO KHÔNG GIAN VÀ THỜI GIAN CỦA PORCINE CIRCOVIRUS GENOTYPE 2D (PCV2D) LƯU HÀNH Ở VIỆT NAM. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 15(5), 553–564. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/379

ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ THEO KHÔNG GIAN VÀ THỜI GIAN CỦA PORCINE CIRCOVIRUS GENOTYPE 2D (PCV2D) LƯU HÀNH Ở VIỆT NAM

Phạm Hồng Quân (*) 1 , Phạm Công Hoạt 2 , Huỳnh Thị Mỹ Lệ 3

  • 1 Phòng Thú y Thủy sản, Cục Thú y
  • 2 Bộ Khoa học và Công nghệ
  • 3 Khoa Thú y, Học viện NNVN

    • Từ khóa

    PCV2 genotype 2d, dịch tễ học phân tử, không gian, thời gian

    Tóm tắt


    Nghiên cứu này được thực hiện nhằm cập nhật kết quả nghiên cứu về đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian và thời gian của một genotype mới được công nhận, porcine circovirus genotype 2d (PCV2d) lưu hành ở đàn lợn nuôi tại Việt Nam. Kết quả cho thấytại Việt Nam có sự lưu hành genotype PCV2b bao gồm nhánh 1A/1B, nhóm tái tổ hợp (CRF) và genotype PCV2d. Ở cả 3 miền Bắc - Trung - Nam, đều thấy sự hiện diện đồng thời nhiều nhóm di truyền của PCV2 ở một tỉnh, trong cùng một khoảng thời gian. Các chủng virus PCV2d lưu hành ở Việt Nam từ 2004- 2017 đều có nguồn gốc đầu tiên từ Trung Quốc, nhưng nằm ở các nhánh khác nhau của cây phát sinh chủng loại.

    Tài liệu tham khảo

    Anoopraj, R., T. K. Rajkhowa, S. Cherian, R. S. Arya, N. Tomar, A. Gupta, P. K. Ray, R. Somvanshi and G. Saikumar (2015). Genetic characterisation and phylogenetic analysis of PCV2 isolates from India: indications for emergence of natural inter-genotypic recombinants. Infect Genet Evol., 31: 25-32.

    Armstrong, D. and S. C. Bishop (2004). Does genetics or litters effect influence mortality in PMWS. In: Proceedings of the 18th International Pig Veterinary Society (IPVS) Congress, Hamburg, Germany, pp. 809.

    Bielejec, F., G. Baele, B. Vrancken, M. A. Suchard, A. Rambaut and P. Lemey (2016). SpreaD3: Interactive Visualization of Spatiotemporal History and Trait Evolutionary Processes. Mol Biol Evol., 33: 2167-2169.

    Chae, C. (2012). Porcine circovirus type 2 and its associated diseases in Korea. Virus Res., 164: 107-113.

    Cheung, A. K., K. M. Lager, O. I. Kohutyuk, A. L. Vincent, S. C. Henry, R. B. Baker, R. R. Rowland and A. G. Dunham (2007). Detection of two porcine circovirus type 2 genotypic groups in United States swine herds. Arch Virol., 152: 1035-1044.

    Cortey, M., E. Pileri, M. Sibila, J. Pujols, M. Balasch, J. Plana and J. Segales (2011). Genotypic shift of porcine circovirus type 2 from PCV-2a to PCV-2b in Spain from 1985 to 2008. Vet J., 187: 363-368.

    Drummond, A. J., M. A. Suchard, D. Xie and A. Rambaut (2012). Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol., 29.

    Dupont, K., E. O. Nielsen, P. Baekbo and L. E. Larsen (2008). Genomic analysis of PCV2 isolates from Danish archives and a current PMWS case-control study supports a shift in genotypes with time. Vet Microbiol., 128: 56-64.

    Fenaux, M., P. G. Halbur, M. Gill, T. E. Toth and X. J. Meng (2000). Genetic characterization of type 2 Porcine circovirus (PCV-2) from pigs with Postweaning multisystemic wasting syndrome in different geographic regions of North America and development of a differential PCR-restriction fragment length polymorphism assay to detect and differentiate between infections with PCV-1 and PCV-2. J. Clin. Microbiol., 38: 2494-2503.

    Franzo, G., M. Cortey, J. Segales, J. Hughes and M. Drigo (2016). Phylodynamic analysis of porcine circovirus type 2: Methodological approach and datasets. Data Brief, 8: 549-552.

    Franzo, G., C. M. Tucciarone, G. Dotto, A. Gigli, L. Ceglie and M. Drigo (2015). International trades, local spread and viral evolution: The case of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains heterogeneity in Italy. Infect Genet Evol., 32.

    Guo, L. J., Y. H. Lu, Y. W. Wei, L. P. Huang and C. M. Liu (2010a). Porcine circovirus type 2 (PCV2): genetic variation and newly emerging genotypes in China. Virol J., 7: 273.

    Guo, L. J., Y. H. Lu, Y. W. Wei, L. P. Huang and C. M. Liu (2010b). Porcine circovirus type 2 (PCV2): genetic variation and newly emerging genotypes in China. Virol J., 7.

    Hall, T. A. (1999). BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser., 41: 95-98.

    Hammer, Ø., D. A. T. Harper and P. D. Ryan (2001). PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica, 4: 1-9.

    Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Lê Văn Phan, Nguyễn Văn Giáp, Nguyễn Bá Hiên và Trịnh Đình Thâu (2015). Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử của Porcine circovirus type 2 (PCV2) lưu hành ở một số tỉnh miền Bắc Việt Nam năm 2013- 2014. Khoa học kỹ thuật Thú y, 22, 19-27.

    Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trần Thị Hương Giang, Mai Thị Ngân, Vũ Thị Ngọc, Lê Văn Trường, Ngô Minh Hà và Bong Kyun Park (2012). Ứng dụng kỹ thuật nested-PCR phát hiện và định type Porcine circovirus type 2 (PCV2) ở đàn lợn nuôi tại một số tỉnh miền Bắc. Khoa học kỹ thuật Thú y, 19: 18-25.

    Huynh, T. M., B. H. Nguyen, V. G. Nguyen, H. A. Dang, T. N. Mai, T. H. Tran, M. H. Ngo, V. T. Le, T. N. Vu, T. K. Ta, V. H. Vo, H. K. Kim and B. K. Park (2014). Phylogenetic and phylogeographic analyses of porcine circovirus type 2 among pig farms in Vietnam. Transbound Emerg Dis., 61: e25-34.

    Jaganathan, S., O. Toung, P. Yee, T. Yew, C. Yoon and L. Keong (2011). Genetic characterization of Porcine circovirus 2 found in Malaysia. Virology Journal, 8: 437.

    Jantafong, T., A. Boonsoongnern, P. Poolperm, K. Urairong, C. Lekcharoensuk and P. Lekcharoensuk (2011). Genetic characterization of porcine circovirus type 2 in piglets from PMWS-affected and -negative farms in Thailand. Virology Journal, 8: 88.

    Kass, R. E. and A. E. Raftery, 1995). Bayes Factors. Journal of the American Statistical Association, 90, 773-795.

    Kwon, T., D. U. Lee, S. J. Yoo, S. H. Je, J. Y. Shin and Y. S. Lyoo (2017). Genotypic diversity of porcine circovirus type 2 (PCV2) and genotype shift to PCV2d in Korean pig population. Virus Res., 228: 24-29.

    Lemey, P., A. Rambaut, A. J. Drummond and M. A. Suchard (2009). Bayesian phylogeography finds its roots. PLoS Comput Biol, 5, e1000520.

    Liu, X., F. X. Wang, H. W. Zhu, N. Sun and H. Wu (2016). Phylogenetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) isolates from China with high homology to PCV2c. Arch Virol., 161: 1591-1599.

    Nguyen, V. G., H. K. Kim, H. J. Moon, S. J. Park, H. O. Keum, S. Rho, J. Y. Han and B. K. Park (2012). Population dynamics and ORF3 gene evolution of porcine circovirus type 2 circulating in Korea. Arch Virol., 157: 799-810.

    Olvera, A., M. Cortey and J. Segales (2007). Molecular evolution of porcine circovirus type 2 genomes: phylogeny and clonality. Virology, 357: 175-185.

    Opriessnig, T., X. J. Meng and P. G. Halbur (2007). Porcine Circovirus Type 2 associated disease: Update on current terminology, clinical manifestations, pathogenesis, diagnosis, and intervention strategies. J Vet Diagn Invest., 19: 591-615.

    Ramos, N., S. Mirazo, G. Castro and J. Arbiza (2015). First identification of Porcine Circovirus Type 2b mutant in pigs from Uruguay. Infect Genet Evol., 33, 320-323.

    Rincon Monroy, M. A., G. C. Ramirez-Nieto, V. J. Vera, J. J. Correa and J. D. Mogollon-Galvis (2014). Detection and molecular characterization of porcine circovirus type 2 from piglets with porcine circovirus associated diseases in Colombia. Virol J., 11: 143.

    Segales, J., A. Olvera, L. Grau-Roma, C. Charreyre, H. Nauwynck, L. Larsen, K. Dupont, K. McCullough, J. Ellis, S. Krakowka, A. Mankertz, M. Fredholm, C. Fossum, S. Timmusk, N. Stockhofe-Zurwieden, V. Beattie, D. Armstrong, B. Grassland, P. Baekbo and G. Allan (2008). PCV-2 genotype definition and nomenclature. Vet Rec., 162: 867-868.

    Segalés, J., A. Olvera, L. Grau-Roma, C. Charreyre, H. Nauwynck, L. Larsen, K. Dupont, K. McCullough, J. Ellis, S. Krakowka, A. Mankertz, M. Fredholm, C. Fossum, S. Timmusk, N. Stockhofe-Zurwieden, V. Beattie, D. Armstrong, B. Grassland, P. Baekbo and G. Allan (2008). PCV-2 genotype definition and nomenclature. Veterinary Record, 162: 867-868.

    Seo, H. W., C. Park, I. Kang, K. Choi, J. Jeong, S. J. Park and C. Chae (2014). Genetic and antigenic characterization of a newly emerging porcine circovirus type 2b mutant first isolated in cases of vaccine failure in Korea. Arch Virol., 159: 3107-3111.

    Takahagi, Y., Y. Nishiyama, S. Toki, T. Yonekita, F. Morimatsu and H. Murakami (2008). Genotypic change of Porcine circovirus type 2 on Japanese pig farms as revealed by restriction fragment length polymorphism analysis. J. Vet. Med. Sci., 70: 603-606.

    Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski and S. Kumar (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol., 30: 2725-2729.

    Xiao, C. T., P. G. Halbur and T. Opriessnig (2015). Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d. J Gen Virol., 96: 1830-1841.

    Yang, J. S., D. S. Song, S. Y. Kim, K. S. Lyoo and B. K. Park (2003). Detection of porcine circovirus type 2 in feces of pigs with or without enteric disease by polymerase chain reaction. J Vet Diagn Invest., 15: 369-373.

    Zhai, S. L., S. N. Chen, Z. H. Xu, M. H. Tang, F. G. Wang, X. J. Li, B. B. Sun, S. F. Deng, J. Hu, D. H. Lv, X. H. Wen, J. Yuan, M. L. Luo and W. K. Wei (2014). Porcine circovirus type 2 in China: an update on and insights to its prevalence and control. Virol J., 11: 88.