Ngày nhận bài: 14-10-2021
Ngày duyệt đăng: 01-03-2022
DOI:
Lượt xem
Download
Cách trích dẫn:
ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ CẤU TRÚC QUẦN THỂ CHANH LEO (Passiflora edulis Sim.) NHẬP NỘI BẰNG CHỈ THỊ SRAP VÀ ISSR
,
Nguyễn Văn Viết
2
,
Bùi Quang Đãng
1
Từ khóa
Passiflora, đa dạng di truyền, cấu trúc quần thể, ISSR, SRAP
Tóm tắt
Trong nghiên cứu này, sự đa dạng di truyền và cấu trúc quần thể của 31 mẫu giống chanh leo (Passiflora edulisSims.) nhập nội (bao gồm loài chanh leo dại P. incarnata) đã được đánh giá thông qua sử dụng chỉ thị phân tử ISSR và SRAP. Qua sàng lọc đã xác định được 10/18 chỉ thị ISSR và 8/15 chị thị SRAP đáp ứng tính đặc hiệu và đa hình trên bộ mẫu giống chanh leo. Kết quả phân tích hệ số dị hợp tử H(0,43), hệ số thông tin đa hình PIC(0,35) và chỉ số năng lực phân biệt D(0,8) của các chỉ thị đạt mức cao, cho thấy sự đa dạng di truyền của bộ mẫu giống chanh leo. Cây phân nhóm di truyền Neighbor-Joining kết hợp với cấu trúc quần thể STRUCTURE đã phân chia các mẫu giống chanh leo thành 5 phân nhóm chính tương quan với màu sắc quả và nguồn gốc. Phân tích AMOVA đồng thời cho thấy nền di truyền của các mẫu giống có sự giao thoa lớn và là kết quả của sự lai tạo giữa các dạng chanh leo và có thể giữa các loài thuộc chi Passiflora. Kết quả này cung cấp cơ sở di truyền trong xác định nguồn gen tiềm năng, phục vụ công tác lưu giữ và khai thác các mẫu giống chanh leo nhập nội ở Việt Nam.
Tài liệu tham khảo
Al Salameen F., Habibi N., Kumar V., Al Amad S., Dashti J., Talebi L. & Al Doaij B. (2018). Genetic diversity and population structure of Haloxylon salicornicummoq. in Kuwait by ISSR markers. Plos One. 13(11): e0207369.
Castro J.A., Neves C.G., de Jesus O.N. & de Oliveira E.J. (2012). Definition of morpho-agronomic descriptors for the characterization of yellow passion fruit. Scientia Horticulturae. 145: 17-22.
Cerqueira-Silva C.B.M., Faleiro F.G., de Jesus O.N., dos Santos E.S.L. & de Souza A.P. (2018). Passion fruit (Passifloraspp.) breeding. In: Al-Khayri J.M., Jain S. M. & Johnson D.V. (Eds). Advances in plant breeding strategies: Fruits: Volume 3. Springer International Publishing. pp. 929-951.
Cerqueira-Silva C.B.M., Jesus O.N., Oliveira E.J., Santos E.S.L. & Souza A.P. (2015). Characterization and selection of passion fruit (yellow and purple) accessions based on molecular markers and disease reactions for use in breeding programs. Euphytica. 202(3): 345-359.
de Melo C.A.F., Souza M.M., Viana A.P., Santos E.A., de Oliveira Souza V. & Corrêa R.X. (2016). Morphological characterization and genetic parameter estimation in backcrossed progenies of PassifloraL. for ornamental use. Scientia Horticulturae. 212: 91-103.
dos Santos L.F., de Oliveira E.J., dos Santos Silva A., de Carvalho F.M., Costa J.L. & Pádua J.G. (2011). ISSR markers as a tool for the assessment of genetic diversity in Passiflora. Biochemical Genetics. 49(7): 540-554.
Joy P.P. (2010). Status and prospects of passion fruit cultivation in Kerala. Kerala Agricultural University. 12.
Kumar J. & Agrawal V. (2019). Assessment of genetic diversity, population structure and sex identification in dioecious crop, Trichosanthes dioicaemploying ISSR, SCoT and SRAP markers. Heliyon. 5(3): e01346.
Laidò G., Mangini G., Taranto F., Gadaleta A., Blanco A., Cattivelli L., Marone D., Mastrangelo A.M., Papa R. & De Vita P. (2013). Genetic diversity and population structure of tetraploid ưheats (Triticum turgidumL.) estimated by SSR, DArT and pedigree data. Plos One. 8(6): e67280.
Li G. & Quiros C.F. (2001). Sequence-related amplified polymorphism (SRAP), a new marker system based on a simple PCR reaction: its application to mapping and gene tagging in Brassica. Theoretical and Applied Genetics. 103(2): 455-461.
Li Y.L. & Liu J.X. (2018). StructureSelector: A web-based software to select and visualize the optimal number of clusters using multiple methods. Mol Ecol Resour. 18(1): 176-177.
Liu K. & Muse S.V. (2005). PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics. 21(9): 2128-2129.
Oluoch P., Nyaboga E.N. & Bargul J.L. (2018). Analysis of genetic diversity of passion fruit (Passiflora edulisSims) genotypes grown in Kenya by sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers. Annals of Agrarian Science. 16(4): 367-375.
Peakall R. & Smouse P.E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research - an update. Bioinformatics. 28: 2537-2539.
Perrier X. & Jacquemoud-Coller J.P. (2006). DARwin software v.6.0.021. Retrieved from http://darwin.cirad.fr/ on Sep 15, 2021.
Poczai P., Varga I., Laos M., Cseh A., Bell N., Valkonen J.P.T. & Hyvönen J. (2013). Advances in plant gene-targeted and functional markers: a review. Plant Methods. 9(1): 6.
Pritchard J.K., Stephens M. & Donnelly P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics. 155(2): 945-959.
Turchetto C., Mäder G., Cazé A.L.R. & Freitas L.B. (2018). Genetic variability and population structure of Passiflora contracta, a bat-pollinated species from a fragmented rainforest. Botanical Journal of the Linnean Society. 186(2): 247-258.
Yan L., Ogutu C., Huang L., Wang X., Zhou H., Ly Y., Long Y., Dong Y. & Han Y. (2019). Genetic diversity and population structure of coffee germplasm collections in China revealed by ISSR markers. Plant Molecular Biology Reporter. 37(3): 204-213.
Yan W., Li J., Zheng D., Friedman C. & Wang H. (2019). Analysis of genetic population structure and diversity in Mallotus oblongifoliususing ISSR and SRAP markers. PeerJ. 7: e7173-e7173.
Zietkiewicz E., Rafalski A. & Labuda D. (1994). Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics. 20(2): 176-183.