Analysis of Genetic Diversity of Citrus Genotypes Collected in Ha Giangby RAPD and ISSR Markers

Received: 24-03-2015

Accepted: 15-09-2015

DOI:

Views

5

Downloads

0

Issue: Vol. 13 No. 6 (2015)

Section:

NÔNG HỌC

How to Cite:

Thao, N., Hieu, V., Hue, N., Oanh, N., Thao, N., & Sang, V. (2024). Analysis of Genetic Diversity of Citrus Genotypes Collected in Ha Giangby RAPD and ISSR Markers. Vietnam Journal of Agricultural Sciences, 13(6), 867–875. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1540

Analysis of Genetic Diversity of Citrus Genotypes Collected in Ha Giangby RAPD and ISSR Markers

Nguyen Thi Phuong Thao (*) 1 , Vu Van Hieu 2 , Nong Thi Hue 3 , Nguyen Thi Oanh 3 , Ninh Thi Thao 3 , Vu Quang Sang 3

  • 1 Khoa Công nghệ sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 2 Trung tâm KHKT giống cây trồng Đạo Đức, Hà Giang
  • 3 Khoa Công nghệ Sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Abstract


    Oranges grown in Ha Giang areone of the most common citrus products in northern Viet Nam. However,vegetative propagation and selection for adaptation to various growing environments led to deviation from original genotype.Assessinggenetic diversity of indigenous citrus maycontribute to the collection, classification, evaluation and conservation as well as provide genetic information among citrus germplasm, which could be used for the breeding program. RAPD and ISSR analysis combined with the construction of phylogenetic tree revealed the genetic relationship among researched citruses. The results showed that 25 RAPD and 5 ISSR primers generated polymorphic patterns of PCR products (100%), however,the numbers of polymorphic bands detected on each genotype were significant in range. A total of 2157 DNA bands were foundwith an average of 1.80 DNA bands per genotype. RAPD markers (OPAW19andOPAE15)and ISSR markers (T1andT5)yielded highest polymorphism, with 4.48, 4.23 and 3.25, 3.45 bandsper genotype, respectively. The resultsalso indicated that the similarity coefficient of 39 samples ranged from 0.33 to 0.98 and 5 genetic groups were obtained.

    References

    Capparelli R., Viscardi M., Amoroso M.G., Blaiotta G. (2004). Inter-simple sequence repeat markers and flow cytometry for the characterization of closely related Citrus limon germplasms. Biotechnology Letters, 26: 1295-1299.

    Coletta-Filho H.D., Machado M.A., Targon M.L.P.N., Pompeu J. (2000). The use of random amplified polymorphic DNA to evaluate the genetic variability of Ponkan mandarin (Citrus reticulate Blanco) accessions. Genetic and Molecular Biology, 23(1): 169-172.

    Dehesdtani A., Kazemitabar S.K., Rahimian H. (2007). Assessment of genetic diversity of navel sweet orange cultivars grown in Mazandaran province using RAPD markers. Asian Journal of Plant Sciences, 6(7): 1119-1124.

    Đỗ Đình Ca (1992). Khả năng và triển vọng phát triển cây quýt và một số cây ăn quả có múi khác vùng Bắc Quang - Hà Giang. Luận án tiến sĩ, tr. 36 - 37.

    Doyle J.J., Doyle J.L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13 - 15.

    Frederick G., Hu X. (1990). The possible role of Yunnan, China, in the origin of contemporary Citrus species (Rutaceae). Economic Botany, 44(2): 267 - 277.

    Hoàng Ngọc Thuận (1993). Kết quả điều tra một số giống quýt tỉnh Lạng sơn. Kết quả nghiên cứu khoa học của khoa Trồng trọt. Nhà xuất bản Nông nghiệp.

    Khuất Hữu Trung, Hà Trọng Huy, Nguyễn Trường Khoa, Ngô Hồng Bình, Nguyễn Thanh Bình, Đặng Trọng Lương, Lê Huy Hàm (2009). Nghiên cứu đa dạng di truyền một số giống bưởi bản địa Việt Nam (Citrus grandis) bằng chỉ thị Microsatellite. Tạp chí Công nghệ Sinh học, 7(4): 485 - 492.

    Nguyễn Bá Phú, Nguyễn Bảo Vệ, Bùi Thị Cẩm Hường, Trần Nhân Dũng (2011). Nhận diện và xác định mối quan hệ di truyền của hai cá thể quýt đường không hột được phát hiện ở Đồng bằng sông Cửu Long bằng dấu phân tử DNA. Tạp chí Khoa học, 20a: 108-118.

    Nguyễn Hữu Hiệp, Trần Nhân Dũng, Đặng Thanh Sơn, Nguyễn Văn Được (2004). Đa dạng sinh học của nhóm cây có múi ở huyện Gò Quao, tỉnh Kiên Giang. Tạp chí Khoa học, 1: 111-121.

    Nguyễn Thanh Nhàn, Nguyễn Minh Châu, Tokurou Shimizu, Mitsuo Omura (2004). Ứng dụng RAPD marker phân biệt giống và phân tích nhóm các giống/loài thuộc chi Citrus ở Việt Nam. Kết quả nghiên cứu khoa học công nghệ Rau Quả 2002-2003. Nhà xuất bản Nông nghiệp, tr. 48 - 56.

    Nhan N.T, Shimizu T., Hirohisa N., Omura M., Chau N.M. (2003). RADP markers: application to varietal identification and analysis of genetic ralationships among Citrus varieties/species in Viet Nam. Jircas Newsletter, p. 155 - 160.

    Oliveira E.C., Amaral Júnior A.T., Gonçalves L.S.A., Pena G.F., Freitas Júnior S.P., Ribeiro R.M., Pereira M.G. (2010). Optimizing the efficiency of the touchdown technique for detecting inter-simple sequence repeat markers in corn (Zea mays). Genetic and Molecular Research, 9(2): 835-842.

    Rainer W.S. (1975). On the history and origin of Citrus. Bulletin of the Torrey Botanical Club, 102(6): 369-375.

    Rima el-mouei, Wafaa C., Fayssal D. (2011). Molecular characterization and genetic diversity in genus Citrus from Syria. International Journal of Agricultural and Biological Engineering, 13: 351 - 356.

    Sunday E. A., Ariyo O. J., Robert L. (2008). Genetic relationships among West African okra (Abelmoschus caillei) and Asian genotypes (Abelmoschus esculentus) using RAPD. African Journal of Biotechnology, 7(10): 1426-1431.

    Trần Thế Tục, 1990. Tài nguyên cây ăn quả Việt Nam, trong “Tuyển chọn một số công trình NCKH Nông nghiệp (1986-1991)”. Nhà xuất bản Nông nghiệp.

    Trần Thị Oanh Yến, Nguyễn Ngọc Thi, Luro Francois (2004). Phân biệt tính đa dạng di truyền nguồn gen cây ăn quả có múi ở Việt Nam bằng microsatellite marker. Kết quả nghiên cứu khoa học công nghệ Rau Quả 2002-2003. Nhà xuất bản Nông nghiệp, tr. 57 - 66.

    Valdemar P.C., Claudete F.R., Josué M.F., Rosângela M.P.M., Paulo M.R. (2004). Genetic diversity among maize (Zea mays L.) landraces assessed by RAPD. Genetics and Molecular Biology, 27(2): 228 - 236.

    Yong L., De-Chun L., Bo W., Zhong-Hai S. (2006). Genetic diversity of pummelo (Citrus grandis Osbeck) and its relatives based on simple sequence repeat markers. Chinese Journal of Agricultural Biotechnology, 3: 119 - 126.