Genetic Diversity Analysis of 10 Oyster Mushrooms (Pleurotusspp.) Accessions by RAPD and ISSR Markers

Received: 15-08-2023

Accepted: 25-12-2023

DOI:

Views

10

Downloads

1

Issue: Vol. 21 No. 12 (2023)

Section:

NÔNG HỌC

How to Cite:

Son, D., Anh, N., Hang, N., Thuy, N., Hue, N., & Nghien, N. (2024). Genetic Diversity Analysis of 10 Oyster Mushrooms (Pleurotusspp.) Accessions by RAPD and ISSR Markers. Vietnam Journal of Agricultural Sciences, 21(12), 1612–1621. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1232

Genetic Diversity Analysis of 10 Oyster Mushrooms (Pleurotusspp.) Accessions by RAPD and ISSR Markers

Dinh Truong Son (*) 1, 2 , Nguyen Thi Ngoc Anh 2 , Nguyen Thu Hang 2 , Nguyen Thi Bich Thuy 3, 2 , Nong Thi Hue 2 , Ngo Xuan Nghien 3, 2

  • 1 Viện Sinh học Nông nghiệp, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 2 Khoa Công nghệ sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 3 Viện Nghiên cứu và Phát triển Nấm ăn, nấm dược liệu, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Keywords

    Oyster mushrooms (Pleurotusspp.), ISSR, RAPD, genetic diversity

    Abstract


    Oyster mushrooms (Pleurotusspp.) are widely consumed in the world due to their delicious taste, high nutritional value and medicinal properties. For breeding program to develop new cultivars, besides phenotypic characteristics genetic characterization of the material is important since it helps breeders to choose suitable materials for hybridization. This study analyzed the genetic diversity of 10 oyster mushroom accessions using 20 RAPD markers and 17 ISSR markers to provide information for oyster mushroom breeding programs. The markers amplified a total of 560 loci with 552 polymorphic loci and 2,138 PCR product bands. When combining both RAPD and ISSR markers, the genetic similarity coefficient of 10 oyster accessions ranged from 0.459 to 0.755. At the average genetic similarity coefficient of 0.579, 10 oyster mushroom accessions were divided into 3 main groups. These results indicate that 10 collected oyster mushroom accessions had a high level of genetic diversity and can be used for new oyster mushrooms breeding program.

    References

    Capelari M. & Fungaro M.H. (2003). Determination of biological species and analysis of genetic variability by RAPD of isolates of Pleurotus subgenusCoremiopleurotus, Mycol Res107(Pt 9): 1050-4.

    Fu L.Z., Zhang H.Y., Wu X.Q., Li H.B., Wei H.L., Wu Q.Q. & Wang L.A. (2010). Evaluation of genetic diversity in Lentinula edodes strains using RAPD, ISSR and SRAP markers. World Journal of Microbiology and Biotechnology.26(4): 709-716.

    Guo X. & Elston R. (1999). Linkage information content of polymorphic genetic markers, Human heredity.49: 112-8.

    Khan M.A. & Tania M. (2012). Nutritional and medicinal importance of Pleurotus mushrooms: An overview. Food Reviews International.28(3): 313-329.

    Lê Thị Thu Hường, Trần Thị Thu Hà & Lê Thị Hà (2022). Nghiên cứu sử dụng cây lục bình (Eichhornia crassipes (Mart) Solms) làm giá thể trồng nấm sò trắng (Pleurotus pulmonarius (Fr.) Quél.) tại Thừa Thiên Huế, Tạp chí Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp, Trường Đại học Nông Lâm Huế.6(3): 3180-3188.

    Masoomi-Aladizgeh F., Jabbari L., Nekouei R.K. & Aalami A. (2019). A simple and rapid system for DNA and RNA isolation from diverse plants using handmade kit, Protocol Exchange. doi. 10.21203/rs.2.1347/v2.

    Munankarmi N.N., Rana N., Bhattarai T., Shrestha R.L., Joshi B.K., Baral B. & Shrestha S. (2018). Characterization of the genetic diversity of acid lime (Citrus aurantifolia(Christm.) Swingle) cultivars of Eastern Nepal using Inter-Simple Sequence Repeat Markers, Plants. 7(2): 46.

    Nguyễn Hoàng Thạnh, Đỗ Tấn Khang, Nguyễn Tường Vi & Trần Nhân Dũng (2019). Nghiên cứu môi trường và giá thể phù hợp để sản xuất nấm Hoàng Kim (Pleurotus citrinopileatus Singer). Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ. 55(2): 95-102.

    Nguyễn Thị Bích Thùy, Khuất Hữu Trung, Ngô Xuân Nghiễn, Cồ Thùy Vân & Trịnh Tam Kiệt (2013). Nghiên cứu đặc điểm sinh học và đa dạng di truyền của một số chủng nấm sò vua (Pleurotus eryngii). Tạp chí Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam.

    Nguyễn Thị Huyền Trang, Lê Văn Vẻ, Phan Thị Huyền Trang, Nguyễn Thị Luyện, Ngô Xuân Nghiễn & Nguyễn Thị Bích Thùy (2022). Sinh trưởng của hệ sợi và phát triển quả thể nấm sò vàng (Pleurotus citrinopileatus) trên một số môi trường dinh dưỡng khác nhau. Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam. 20(5): 642-651.

    Otieno O.D., Onyango C., Onguso J.M., Matasyoh L.G., Wanjala B.W., Wamalwa M. & Harvey J.J. (2015). Genetic diversity of Kenyan native oyster mushroom (Pleurotus). Mycologia. 107(1): 32-8.

    Prevost A. & Wilkinson, M. (1999). A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars, TAG Theoretical and Applied Genetics.98: 107-112.

    Raman J., Jang K.Y., Oh Y.L., Oh M., Im J.H., Lakshmanan H. & Sabaratnam V. (2020). Cultivation and nutritional value of prominent Pleurotusspp.: An overview. Mycobiology.49(1): 1-14.

    Rao L.S., Usha Rani P., Deshmukh P.S., Kumar P.A. & Panguluri S.K. (2007). RAPD and ISSR fingerprinting in cultivated chickpea (Cicer arietinum L.) and its wild progenitor Cicer reticulatum Ladizinsky. Genetic Resources and Crop Evolution.54(6): 1235-1244.

    Ravash R., Shiran B., Alavi A.A., Bayat F., Rajaee S. & Zervakis G.I. (2010). Genetic variability and molecular phylogeny of Pleurotus eryngii species-complex isolates from Iran, and notes on the systematics of Asiatic populations. Mycological Progress.9(2): 181-194.

    Ro H.S., Kim S.S., Ryu J.S., Jeon C.O., Lee T.S. & Lee H.S. (2007). Comparative studies on the diversity of the edible mushroom Pleurotus eryngii: ITS sequence analysis, RAPD fingerprinting, and physiological characteristics. Mycol Res. 111(Pt 6): 710-5.

    Sokal R.R. & Michener C.D. (1958). A statistical method for evaluating systematic relationships. University of Kansas science bulletin.38: 1409-1438.

    Tôn Nữ Hải Âu (2017). Hoạt động sản xuất nấm sò ở tỉnh Quảng Trị: Lợi nhuận và các nhân tố ảnh hưởng. Tạp chí Khoa học Quản lý & Kinh tế.04: 81-93.

    Trần Đông Anh, Nguyễn Thị Bích Thùy, Ngô Xuân Nghiễn, Nguyễn Thị Luyện, Vũ Thị Như Hoa, Lê Thế Cương, Đỗ Thị Thu Quỳnh & Đinh Văn Nam (2021). Đánh giá khả năng phối hợp và đặc điểm sinh học của các tổ hợp lai từ một số nguồn gen nấm sò, Tạp chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam.19(7): 952-963.

    Trịnh Tam Kiệt, Trần Đông Anh, Phạm Thu Hương, Thân Thị Chiển, Ngô Xuân Nghiễn & Nguyễn Thị Bích Thùy (2011). Nghiên cứu lai tạo một số chủng nấm sò thương phẩm. Tạp chí Di truyền học và ứng dụng - Chuyên san Công nghệ sinh học. 7.

    Vũ Thị Kim Ngân & Trịnh Tam Kiệt (2008). Nghiên cứu một số đặc điểm sinh học và công nghệ nuôi trồng nấm sò sinh ít bào tử (Pleurotus sp.). Tạp chí Di truyền học và ứng dụng - Chuyên san Công nghệ sinh học.4: 56-58.

    Wang S., Yin Y., Liu Y. & Xu F. (2012). Evaluation of genetic diversity among Chinese Pleurotus eryngiicultivars by combined RAPD/ISSR marker, Curr Microbiol. 65(4): 424-31.

    Yin Y., Liu Y., Li H., Zhao S., Wang S., Liu Y., Wu D. & Xu F. (2014). Genetic diversity of Pleurotus pulmonarius revealed by RAPD, ISSR, and SRAP fingerprinting, Curr Microbiol. 68(3): 397-403.

    Yin Y., Liu Y., Wang S., Zhao S. & Xu F. (2012). Examining genetic relationships of Chinese Pleurotus ostreatuscultivars by combined RAPD and SRAP markers, Mycoscience. 54(3): 221-225.

    Zervakis G., Venturella G. & Papadopoulou K. (2001). Genetic polymorphism and taxonomic infrastructure of the Pleurotus eryngii species-complex as determined by RAPD analysis, isozyme profiles and ecomorphological characters, Microbiology (Reading, England). 147: 3183-94.