THIẾT LẬP VÀ TỐI ƯU HOÁ QUY TRÌNH REALTIME PCR PHÁT HIỆN DECAPOD IRIDESCENT VIRUS 1 GÂY BỆNH TRÊN TÔM

Ngày nhận bài: 28-07-2023

Ngày duyệt đăng: 26-01-2024

DOI:

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 22 Số 2 (2024)

Chuyên mục:

CHĂN NUÔI – THÚ Y – THỦY SẢN

Cách trích dẫn:

Hoài, T., Huyền, N., Oanh, N., Thắng, V., Ngọc, N., Loan, N., … Mận, N. (2024). THIẾT LẬP VÀ TỐI ƯU HOÁ QUY TRÌNH REALTIME PCR PHÁT HIỆN DECAPOD IRIDESCENT VIRUS 1 GÂY BỆNH TRÊN TÔM. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 22(2), 215–225. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1260

THIẾT LẬP VÀ TỐI ƯU HOÁ QUY TRÌNH REALTIME PCR PHÁT HIỆN DECAPOD IRIDESCENT VIRUS 1 GÂY BỆNH TRÊN TÔM

Trương Đình Hoài (*) 1, 2, 3 , Nguyễn Thị Huyền , Nguyễn Thị Kim Oanh , Vũ Đăng Thắng , Nguyễn Đăng Hồng Ngọc , Nguyễn Thanh Loan , Âu Xuân Khoa , Vũ Thị Lan Hương , Nguyễn Thị Thúy Mận

  • 1 Khoa Chăn nuôi và NTTS
  • 2 Faculty of Animal Science and Aquaculture, Vietnam National University of Agriculture
  • 3 Khoa Thủy sản, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Từ khóa

    Realtime PCR, thiết lập, tối ưu, plasmid, DIV1

    Tóm tắt


    Nghiên cứu được thực hiện để thiết lập, tối ưu hoá quy trình realtime PCR phục vụ chẩn đoán và kiểm soát bệnh DIV1 trên tôm. Mẫu plasmid chứa hai đoạn gen đích của DIV1 là MCP và ATPase được sử dụng để thiết lập và tối ưu hoá quy trình với lượng mồi dò probe ở các nồng độ 0,1; 0,15 và 0,2µM. Độ nhạy, hiệu suất, mức độ đặc hiệu, mức độ ổn định giữa các lần xét nghiệm và kết quả đối sánh liên phòng thí nghiệm được chuẩn hoá trong và ngoài nước được sử dụng để đánh giá hiệu quả và giá trị sử dụng của quy trình. Kết quả nghiên cứu cho thấy quy trình realtime PCR ở nồng độ mồi dò 0,2µM cho thấy khả năng phát hiện tối ưu nhất. Giới hạn phát hiện của phản ứng lần lượt là 13,6 và 14,3 bản sao plasmid/phản ứng, hiệu suất lần lượt là 98,9% và 92,6%. Phản ứng có độ đặc hiệu cao (không có phản ứng với các mẫu tôm dương tính với WSSV, IHHNV, AHPND, EHP)và ổn định (CV < 15%). Kết quả nghiên cứu cho thấy hai quy trình realtime PCR sử dụng plasmid chứa gen MCP và ATPase đã được thiết lập và tối ưu hoá trong nghiên cứu này đảm bảo độ tin cậy và có thể ứng dụng để tầm soát và kiểm soát bệnh DIV1 cho các phòng thí nghiệm tại Việt Nam.

    Tài liệu tham khảo

    Biosecurity New Zealand (2022). Supplementary Import Risk Analysis: Freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii) broodstock from Thailand and Israel. Ministry for Primary Industries. ISBN No: 978-1-99-105296-4

    Chen Z., Jun Huang, Fang Zhang, Yang Zhou & Huijie Huang (2020). Detection of shrimp hemocyte iridescent virus by recombinase polymerase amplification assay. J. Molecular and Cellular Probes. 49: 101475.

    Chen X., Qiu L., Huang J., Wang H., Zou P., Dong X., Li F. & Huang J. (2019). Susceptibility of Exopalaemon carinicauda to the Infection with Shrimp Hemocyte Iridescent Virus (SHIV 20141215), a Strain of Decapod Iridescent Virus 1 (DIV1). Viruses. 11(387): 15.

    Chen X., Qiu L., Huang J., Wang H., Zou P., Dong X., Li F. & Huang J. (2019). Susceptibility of Exopalaemon carinicauda to the Infection with Shrimp Hemocyte Iridescent Virus (SHIV 20141215), a Strain of Decapod Iridescent Virus 1 (DIV1). Viruses. 11(387): 15.

    Eileen M. Burd (2010). Validation of Laboratory-Developed Molecular Assays for Infectious Diseases. Clinical microbiology reviews. pp. 550-576

    Han J.E., Tang K.F.J., Pantoja C.R., White B.L. & Lightner D.V. (2015). qPCR assay for detecting and quantifying a virulence plasmid in acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) due to pathogenic Vibrio parahaemolyticus. Aquaculture. 442: 12-15.

    Johnson Gemma L., Nolan Tania & Bustin Stephen A. (2013) Real-time quantitative PCR, pathogen detection and MIQE. In: PCR Detection of Microbial Pathogens: Second Edition. Methods in Molecular Biology. 943p.

    NACA (2019). Eighteenth Meeting of the Asia Regional Advisory Group on Aquatic Animal Health: Report of the Meeting. Published by the Network of Aquaculture Centres in Asia-Pacific, Bangkok, Thailand.

    NACA (2020). Decapod Iridescent Virus 1 (DIV1): an emerging threat to the shrimp industry.1 (Issue April: 1-5). Network of Aquaculture Centres in Asia-Pacific. Uploads 21 April 2020.

    OIE (2020a). OIE disease card - Infection with decapod iridescent virus-1 (DIV1). Retrieved from https://www.woah.org/app/uploads/2021/03/a-div1-disease-card.pdf on July 02, 2023.

    OIE (2020b). Decapod iridescent Virus 1 (DIV1) infection, Chinese Taipei (Immediate notification) Retrieved from asia.woah.org/en/events/oie-regional-virtual-meeting-on-decapod-iridescent-virus-1 on July 02, 2023.

    OIE (2020c). Decapod iridescent Virus 1 (DIV1) infection. The 15thMeeting of the Asia Regional. Retrieved from http://www.woah.org. on May 2020.

    OIE (2019). Infection with Taura Syndrome virus. Retrieved from https://www.woah.org/fileadmin/ Home/eng/Health_standards/aahm/current/chapitre_taura_syndrome.pdf on July 02, 2023

    OIE (2019a). Chapter 1.1.2 Principles and methods of validation of diagnostic assays for infectious diseases. Retrieved from https://www.woah.org/ fileadmin/Home/eng/Health_standards/aahm/current/chapitre_validation_diagnostics_assays.pdf. on July 02, 2023.

    Qiu L., Chen M.M., Wan X.Y., Li C., Zhang Q.L., Wang R.Y., Cheng D.Y., Dong X., Yang B., Wang X.H., Xiang J.H. & Huang, J. (2017). Characterization of a new member of Iridoviridae, Shrimp hemocyte iridescent virus (SHIV), found in white leg shrimp (Litopenaeus vannamei). Scientific Reports. 7(1):11834. doi: 10.1038/s41598-017-10738-8.

    Qiu L., Chen M.M., Wan X.Y., Zhang Q.L., Li C., Dong X., Yang B. & Huang, J. (2018). Detection and quantification of shrimp hemocyte iridescent virus by TaqMan probe based real-time PCR. In Journal of Invertebrate Pathology. 154: 95-101.

    Qiu L., Chen X., Zhao R.H., Li C., Gao W., Zhang Q.L. & Huang J. (2019). Description of a natural infection with Decapod iridescent virus 1 in farmed giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii. Viruses. 11(4): 354. doi: 10.3390/v11040354.

    Qiu L., Xing C., Xiao-Meng Guo, Gao W., Zhao R.H., Zhang Q.L., Yang B. & Huang J. (2020). A TaqMan probe based real-time PCR for the detection of Decapod iridescent virus 1. Journal of Invertebrate Pathology. 173.

    Qiu L., Guo X.M., Xie G.S., Yong-Hui Feng, Jing-Yi Xing, Xian-Yun Ren & Jie Huang (2023) Susceptibility of kuruma shrimp to the infection with Decapod iridescent virus 1. Frontiers in Marine Science. 10. 1114123

    Tang K.F.J. & Lightner D.V. (2001). Detection and quantification of infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus in penaeid shrimp by real-time PCR. In Diseases of Aquatic Organisms. 44(2): 79-85). https://doi.org/10.3354/dao044079

    Toohey-Kurth K., Monica M. Reising, Rebecca L. Tallmadge, Laura B. Goodman, Jianfa Bai, Steven R. Bolin, Janice C. Pedersen, Mangkey A. Bounpheng, Roman M. Pogranichniy, Jane Christopher-Hennings, Mary Lea Killian, Donna M. Mulrooney, Roger Maes, Shri Singh & Beate M. Crossley. (2020). Suggested guidelines for validation of real-time PCR assays in veterinary diagnostic laboratories. J Vet Diagn Invest. 32(6): 802-814.

    USAD (2022). Decapod Iridescent Virus (DIV1) Rapid Risk Assessment. Animal and Plant Health Inspection Service. United States Department of Agriculture, Animal and Plant Health Inspection Service

    WOAH (2022). Chapter 9.10 of the Aquatic code, infection with decapod iridescent virus 1.

    WOAH. (2021b). Infection with Infectious Myonecrosis Virus. In Manual of Diagnostic Test for Aquatic Animals. 3(2): 154-164.

    Xu L., Wang T., Li F. & Yang F. (2016). Isolation and preliminary characterization of a new pathogenic iridovirus from redclaw crayfish (Cherax quadricarinatus). Diseases of Aquatic Organisms. 120(1):17-26.