PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN CÁC ĐA HÌNH ĐƠN NUCLEOTIDE

Ngày nhận bài: 05-01-2012

Ngày duyệt đăng: 15-05-2012

DOI:

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 10 Số 3 (2012)

Chuyên mục:

KỸ THUẬT VÀ CÔNG NGHỆ

Cách trích dẫn:

Định, N., & Thủy, P. (2024). PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN CÁC ĐA HÌNH ĐƠN NUCLEOTIDE. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 10(3), 451–459. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/7

PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN CÁC ĐA HÌNH ĐƠN NUCLEOTIDE

Nguyễn Văn Định (*) 1 , Phạm Hạ Thủy 1

  • 1 Khoa Công nghệ thông tin, trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội

    • Từ khóa

    Mạng nơron, Học máy, Phương pháp phát hiện SNP, Tính toán song song

    Tóm tắt


    Đa hình đơn nucleotide (SNP), một trong các biến thể phổ biến nhất của DNA của các sinh vật. Việc nghiên cứu SNP có vài trò quan trọng trong nghiên cứu sinh học, lập bản đồ gen, lựa chọn giống vật nuôi và cây trồng. Nội dung bài báo trình bày tổng quan về các phương pháp phát hiện SNP hiện nay đang được sử dụng phổ biến trên thế giới.

    Tài liệu tham khảo

    The International HapMap Consortium (2007). A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs. Nature 449, 851-861.

    Zhihua Cai, Like Wang & cs. (2011). Polymorphism Identification and Association Analysis of IRF3 Gene in Pig, Journal of Animal and Veterinary Advances, 2011, Volume: 10, Issue: 14, Page No.: 1841-1844.

    Hao Cheng, Hua Yang, Dan Zhang, Junyi Gai and Deyue Yu (2009). Polymorphisms ofsoybean isoflavone synthase and flavanone 3-hydroxylase genes are associated with soybean mosaic virus resistance, Molecular Breeding New Strategies in Plant Improvement Springer Science+Business Media B.V.

    Hsueh-Wei Chang, & cs (2006).SNP-RFLPing: restriction enzyme mining for SNPs in genomes,BMC Genomics 2006, doi:10.1186/1471-2164-7-30

    Gunderson K.L., Steemers F.J., Ren H., & cs.. (2006).Whole-genome genotyping. Methods Enzymol. 410:359-76

    Bhangale T., Stephens M., Nickerson DA., (2006).Automating resequencing-based detection of insertion-deletion polymorphisms,Nat.Genet. 2006 Dec;38(12):1457-62. Epub 2006 Nov 19.

    Stephanie Hahner http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0531513102002868 - COR1,Markus Kostrzewa, Thomas Wenzel, Thomas Fröhlich,(2003). Strategies for SNP genotyping by mass spectrometry, International Congress Series, Volume 1239, January 2003, Pages 11-16.

    Marth GT, Korf I, Yandell MD, Yeh RT, Gu Z, Zakeri H, Stitziel NO, Hillier L, Kwok P, Gish WR (1999). A general approach to single-nucleotide polymorphism discovery, Nat Genet 1999, 23:452-456.

    Nickerson, D.A., Tobe, V.O., and Taylor, S.L, (1997).PolyPhred: automating the detection and genotyping of single nucleotide substitutions using fluorescence-based resequencing, Nucleic Acids Research, 25: 2745-2751.

    Lakshmi K Matukumalli, John J Grefenstette (2006). Application of machine learning in SNP discovery, BMC Bioinformatics 2006, 7:4doi:10.1186/1471-2105-7-4

    Per Unneberg, Michael Strömbergand Fredrik Sterky(2005). SNP discovery using advanced algorithms and neural network, Bioinformatics applications note Vol. 21 no.10/2005, pages 2528-2530 doi:10.1093/bioinformatics/bti354.

    Jeffrey Dean and Sanjay Ghemawat, (2004).MapReduce: Simplified data processing on large clusters. Google Labs.