PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁC MẪU GIỐNG ĐẬU CÔ VE BẰNG CHỈ THỊ HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR

Ngày nhận bài: 12-05-2016

Ngày duyệt đăng: 20-12-2016

DOI:

Lượt xem

0

Download

0

Số: Tập 14 Số 12 (2016)

Chuyên mục:

NÔNG HỌC

Cách trích dẫn:

Ngọc, P., Trung, N., & Liết, V. (2024). PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁC MẪU GIỐNG ĐẬU CÔ VE BẰNG CHỈ THỊ HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 14(12), 1874–1885. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1500

PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁC MẪU GIỐNG ĐẬU CÔ VE BẰNG CHỈ THỊ HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR

Phạm Thị Ngọc (*) 1 , Nguyễn Quốc Trung 2 , Vũ Văn Liết 1

  • 1 Khoa Nông học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 2 Khoa Công nghệ sinh học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Từ khóa

    Đậu cô ve (Phaseolus vulgaris L.), đa dạng di truyền, chỉ thị SSR, chỉ thị hình thái

    Tóm tắt


    Những kiến thức và hiểu biết về đa dạng di truyền nguồn gen đậu cô ve (Phaseolus vulgarisL.) có ý nghĩa quan trọng trong sử dụng và bảo tồn nguồn gen. Mục đích nghiên cứu này là phân tích đa dạng di truyền của 60 mẫu giống đậu cô ve thu thập trong nước và nhập nội dựa trên chỉ thị hình thái (đặc điểm thực vật học, nông sinh học) và chỉ thị phân tử SSR. Kết quả phân tích đa dạng di truyền dựa trên 16 chỉ thị hình thái đã phân chia các mẫu giống đậu cô ve thành 7 nhóm với hệ số tương đồng là 0,17. Sử dụng 20 chỉ thị SSR, kết quả phân tích PCR trên các mẫu giống của nghiên cứu, chỉ có 15 chỉ thị xuất hiện băng DNA đa hình và 5 chỉ thị không xuất hiện băng DNA là: BM188, BMd - 1, GATS91, C33 và C106. Kết quả thu được tổng số 69 allen đa hình, trong đó chỉ thị BM152 có hệ số đa dạng cao nhất là 0,73. Dựa trên kết quả phân tích ma trận đồng hình, các mẫu giống đậu cô ve có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,57 đến 1, chứng tỏ các mẫu giống đậu cô ve thu thập có sự đa dạng cao về mặt di truyền (Hình 3). Nếu mức tương đồng di truyền 0,69 có thể chia 60 mẫu giống thành 4 nhóm di truyền. Kết quả của nghiên cứu thể hiện khả năng ứng dụng cao của chỉ thị SSR trong phân tích đa dạng di truyền đối với nguồn gen đậu cô ve. Phân tích đa dạng 60 mẫu giống làm cơ sở lựa chọn mẫu giống cho chương trình chọn giống đậu cô ve cho các mục đích khác nhau.

    Tài liệu tham khảo

    Asfaw A., M.W. Blair, S.E. Beebe, I.M. Rao, M.J Devi, and J. Polania (2013). Common beans, biodiversity, and multiple stresses: challenges of drought resistance in tropical soils, Crop and Pasture Science, 65(7): 667 - 675.

    Benchimol L.L, T. Campos, S.A.M. Carbonell, C.A. Colombo, A.F. Chioratto, E.F. Formighieri, A.P. Souza (2007). Structure of genetic diversity among common bean (Phaseolus vulgaris L.) varieties of Mesoamerican and Andean origins using new developed microsatellite markers. Genet Resour Crop Evol., 54: 1747 - 1762.

    Blair M.W., F. Pedraza, H.F. Buendia, E. Gaitan - Solis (2003). Development of a genome - wide anchored microsatellite map for common bean (Phaseolus vulgaris L.). Theor. Appl. Genet., 107: 1362 - 1374.

    Blair,M.W., M.C. Giraldo, H.F. Buendia, E. Tovar, M.C. Duque, S.E. Beebe (2006). Microsatellite marker diversity in common bean (Phaseolus vulgaris L.). Theor. Appl. Genet., 113: 100 - 109.

    Boros L., A. Wawer, K. Borucka (2014). Morphological, Phenological and agronomical characterization of variability among common bean (Phaseolus vulgaris L.) local populations from the national centre for plant genetic resources Polish Genebank, Journal of Horticultural Research, 22(2): 123 - 130.

    Ceylan A., Öcal N, Akbulut M (2014). Genetic diversity among the Turkish common bean cultivars (Phaseolus vulgaris L.) as assessed by SRAP, POGP and cpSSR markers, Biochemical Systematics and Ecology, 54: 219 - 229.

    Doyle, J.J. and Doyle J.L. (1987). A rapid DNA isolationprocedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull., 19: 11 - 15.

    Freitas G., J.osé F. T. Ganança, H. Nóbrega, E. Nunes, G. Costa, J.J. Slaski, M.A.A. Pinheiro de Carvalho (2011). Morphological evaluation of common bean diversity on the Island of Madeira, Genetic Resources and Crop Evolution, 58(6):861 - 874.

    Gaitan - Solis E., M.C. Duque, K.J. Edwards, J. Tohme (2002). Microsatellite repeats in common bean (Phaseolus vulgaris): Isolation, characterization, and cross - species amplification in Phaseolus ssp. Crop Sci., 42: 2128 - 2136.

    Gómez O.J, M.W Blair, B.E Frankow - Lindberg, U Gullberg (2004). Molecular and Phenotypic Diversity of Common Bean Landraces from Nicaragua. Crop sci. Society of America, 44: 1412 - 1418.

    Khaidiza M.I., K. Haliloglu, E. Elkoca, M. Aydin, F. Kantar (2012). Genetic Diversity of Common Bean (Phaseolus vulgaris L.) Landraces Grown in Northeast Anatolia of Turkey Assesessed with Simple Sequence Repeat Markers. Turkish Journal of Field Crop, 17(2): 145 - 150.

    Kumar A., P.K Singh, N. Rai, G.P Bhaskar, D. Datta (2014). Genetic diversity of French bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes on the basis of morphological traits and molecular markers. Indian Journal of Biotechnology, 13: 207 - 213.

    Nei M. and W.H. Li (1979). Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sct. USA, 76(10): 5269 - 5273.

    Okii D, P. Tukamuhabwa, T. Odong, A. Namayanja, J. Mukabaranga, P. Paparu, P. Gepts (2014). Morphological diversity of tropcal common bean germplasm. African Crop Science Journal, 22(1): 59 - 67.

    Raggi L, Barbara. Tiranti, Valeria. Negri (2012). Italian common bean landraces: diversity and population structure, Genetic Resources and Crop Evolution, 60(4): 1515 - 1530.

    Rohlf F.J (2000). NTSYSpc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System Version 2.1.

    Schmutz J., P. E Mc Clean, S. Mamidi, G. A. Wu1, S. B. Cannon, J. Grimwood, J. Jenkins, S. Shu, Q. Song, C. Chavarro, M. Torres - Torres, V. Geffroy, S. M. Moghaddam, D. Gao, B. Abernathy, K. Barry, M. Blair, M. A. Brick, M. Chovatia, P. Gepts, D. M. Goodstein, M. Gonzales, U. Hellsten, D. L. Hyten, G. Jia, J. D. Kelly, D. Kudrna, R. Lee, M. M. S. Richard, P. N. Miklas, J. M. Osorno, J. Rodrigues, V. Thareau, C. A. Urrea, M. Wang, Y. Yu, M. Zhang, R. A. Wing, P. B. Cregan, D. S. Rokhsar and S. A. Jackson (2014). A reference genome for common bean and genome - wide analysis of dual domestications, Nature Genetics, 46(7).

    Wang A., Y. Ding, Z. Hu, C. Lin, S. Wang, B. Wang, H. Zhang and G. Zhou (2012). Isolation and Characterization of 13 New Polymorphic Microsatellite Markers in the Phaseolus vulgaris L. (Common Bean) Genome. Int. J. Mol. Sci., 13, 11188 - 11193.

    Yu K., S.J. Park, V. Poysa (1999). Abundance and variation of microsatellite DNA sequences in beans (Phaseolus and Vigna). Genome, 42: 27 - 34.

    Yu K., S.J. Park, V.Poysa and P.Gepts (2000). Intergration of Simple Sequence Repeat (SSR) Markers Into a Molecular Linkage Map of Common Bean (Phaseolus vulgaris L.). American Genetic Association, 91: 429 - 434.

    Zhang X., M.W. Blair, S. Wang (2008). Genetic diversity of Chinese common bean (Phaseolus vulgaris L.) landraces assessed with simple sequence repeat markers. Theoretical and Applied Genetics, 117(4): 629 - 40.