BƯỚC ĐẦU ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ỨNG DỤNG HỆ TRÌNH TỰ LẶP LẠI ĐƠN GIẢN (SSRs) TRONG NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN GIỮA CÁC CHỦNG NẤM MỐC Aspergillusspp.

Ngày nhận bài: 01-10-2012

Ngày duyệt đăng: 12-12-2012

DOI:

Lượt xem

2

Download

1

Số: Tập 10 Số 7 (2012)

Chuyên mục:

KỸ THUẬT VÀ CÔNG NGHỆ

Cách trích dẫn:

Hải, N., Quỳnh, Đỗ, Thanh, B., Thưởng, N., Hòa, N., Chỉnh, N., & Nghiêm, Đặng. (2024). BƯỚC ĐẦU ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ỨNG DỤNG HỆ TRÌNH TỰ LẶP LẠI ĐƠN GIẢN (SSRs) TRONG NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN GIỮA CÁC CHỦNG NẤM MỐC Aspergillusspp. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 10(7), 1032–1043. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/26

BƯỚC ĐẦU ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG ỨNG DỤNG HỆ TRÌNH TỰ LẶP LẠI ĐƠN GIẢN (SSRs) TRONG NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN GIỮA CÁC CHỦNG NẤM MỐC Aspergillusspp.

Nguyễn Khắc Hải (*) 1 , Đỗ Hải Quỳnh 1 , Bùi Thị Thanh 1 , Nguyễn Văn Thưởng 1 , Nguyễn Ngọc Hòa 1 , Nguyễn Ngọc Chỉnh 1 , Đặng Xuân Nghiêm 2

  • 1 Khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội
  • 2 Khoa Công nghệ Sinh học, Đại học Nông nghiệp Hà Nội

    • Từ khóa

    Aspergillus oryzae, Aspergillus spp., chỉ thị phân tử, nấm mốc, SSRs

    Tóm tắt


    Nghiên cứu này được thực hiện nhằm tìm hiểu thành phần và mức độ đa hình của hệ trình tự lặp lại đơn giản (SSRs) ở Aspergillus oryzae để làm cơ sở cho việc ứng dụng chúng như những chỉ thị phân tử trong nghiên cứu quan hệ di truyền và kiểm định các chủng hoặc loài nấm mốc thuộc chi Aspergillus. Kết quả nghiên cứu bằng phần mềm tin sinh học đã cho thấy bộ gene nhân của Aspergillus oryzae chứa 841 trình tự SSR. Mật độ các trình tự SSR trên 8 nhiễm sắc thể dao động trong khoảng từ 16 đến 26 SSR/Mb. Các trình tự SSR có mức độ bảo thủ hoàn hảo (100%) chiếm 44,6% trong tổng số 841 trình tự SSR có mức độ bảo thủ trên 70%. Việc nhân dòng thành công tất cả 17 locus SSR và iSSR (inter-simple sequence repeat) đã chỉ ra mức độ đa hình của chúng khá cao với khoảng 4,88 allele trên mỗi locus và chỉ số PIC trung bình đạt 0,6. Đặc biệt, đa số các locus SSR đã được nhân dòng có số lượng và kích thước allele đặc trưng cho từng nhóm nấm mốc trong nghiên cứu. Kết quả này mở ra khả năng ứng dụng hệ trình tự SSR trong nghiên cứu quan hệ di truyền và kiểm định việc nhiễm những nấm mốc này trong thực phẩm và thức ăn chăn nuôi.

    Tài liệu tham khảo

    Bennett, J. W. (2010). An overview of the genus Aspergillus. Aspergillus: Molecular biology and genomics. Caister Academic Press.

    Benson, G. (1999). Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences. Nucleic acids research. 27 (2), 573-580.

    Cardle, L., L. Ramsay, D. Milbourne, M. Macaulay, D. Marshall and R. Waugh (2000). Computational and experimental characterization of physically clustered simple sequence repeat in plants. Genetics. 156, 847-854.

    Cavagnaro, P. F., D. A. Senalik, L. Yang, P. W. Simon (2010). Genome-wide characterization of simple sequence repeat in cucumber (Cucumis sativus L.). BMC Genomic. 11 (569).

    Đinh Hồng Duyên, Phạm Thị Thảo Nguyên, Phạm Thúy Kiều (2010). Đánh giá đặc tính sinh học và định tên nấm dùng trong xử lý phế thải nông nghiệp. Tạp chí Khoa học và Phát triển. 8 (2), 287 - 295.

    Êgôrôv, N. X. (1983). Thực tập vi sinh vật học. Nhà xuất bản “MIR” Maxcova (Nguyễn Lân Dũng dịch).

    Galagan, J. E., S. E. Calvo, L. J. Ma (2005). Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A. fumigatus and A. oryzae. Nature. 48, 1105-1115.

    Gallego, F. J., M. A. Perez, Y. Nunez, P. Hidalgo (2005). Comparison of RAPDs, AFLPs and SSR markers for genetic analysis of yeast strains of Saccharomyces cerevisiae. Food Microbiology. 22, 561-568.

    Kashi, Y. and D. G. King (2006). Simple sequence repeats as advantageous mutators in evolution. TRENDS in Genetic. 22 (5), 253-259.

    Klich, M. A. (2002). Identification of common Aspergillus species. The Netherlands: Ponsen & Looijen.

    Kobayashi, T., K. Abe, K. Asai, K. Gomi, P. R. Juvvadi, M. Kato, K. Kitamoto, M. Takeuchi, and M. Machida (2007). Genomic of Aspergillus oryzae. Bioscience Biotechnology Biochemistry. 71 (3), 646-670.

    Lawson, M. J. and L. Zhang (2006). Distinct pattern of SSR distribution in the Arabidopsis thaliana and rice genome. Genome Biology. 7 (2): R14.

    Machida, M., K. Asai, M. Sano, T. Tanaka, T. Kumagai (2005). Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae. Nature. 438, 1157-1161.

    Machida, M., O. Yamda, K. Gomi (2008). Genomic of Aspergillus oryzae: Learning from the history of koji mold and exploration of its future. DNA Research. 15, 173-183.

    McCouch, S. R., L. Teytelman, Y. Xu, K. B. Lobos (2002). Development and mapping of 2240 new SSR maker for rice (Oryzae sativa L.). DNA Research. 9, 199-207.

    Morgante, M., M. Hanafey, W. Powell (2002). Microsatellites are preferentially asscociated with non repetitive DNA in plant genomes. Nature Genetic. 30, 194-200.

    Naslund, K., B. Saetre, J. von Salome, T. F. Bergstrom, N. Jareborg, E. Jazin (2005). Genomic-wide prediction of human VNTRs. Genomics. 85, 24-35.

    Payne, G.A., Nierman, W.C., Wortman, J.R., Pritchard,B.L., Brown, D., Dean, R.A., Bhatnagar, D., Cleveland,T.E., Machida, M., and Yu, J. (2006). Whole genome comparison of Aspergillus flavus and A. oryzae. Medical mycology. 44, 9-11.

    Perez, M. A., F. J. Gallego, I. Martinez, P. Hidalgo (2001). Detection, distribution and selection of microsatellites (SSRs) in the genome of yeast Saccharomyces cerevisiae as molecular markers. Applied microbiology. 33, 461-466.

    Lương Đức Phẩm (2004). Công nghệ vi sinh. Nhà xuất bản Nông nghiệp.

    Pitt, J. I. and Hocking, A. D. (1985). Fungi and Food Spoilage. Australian Academic Press.

    Raper, K.B. and Fennell, D. I. (1965). The Genus Aspergillus. Williams & Wilkins.

    Rohlf, F. J. (1988). NTSYS-pc number taxonomy and multivariate analysis system. Exeter Publishing.

    Sanbrook J. and Russell (2001): Molecular Cloning: A laboratory manual. Third edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press; Cold Spring Harbor, New York.

    Samson, R. A., S-B. Hong, J. C. Frisvad (2006). Old and new concepts of species differentiation in Aspergillus. Medical Mycology. 44, 133-148.

    Samson, RA, Varga J. (2009). What is a species in Aspergillus. Medical Mycology. 47,13-20.

    Schipper, M. A. A. and Stalpers, J. A. (1984). A revision of the genus Rhizopus. Studies in Mycology. Centraalbureau Voor Schimmelcultures. 1 (25), 20-34.

    Temnykh, S., G. DeClerck, A. Lukashova, L. Lipovich, S. Cartinhour, and S. McCouch (2001). Computational and experimental analysis of microsatellites in rice (Oryza sativa L.): Frequency, length variation, transposon associations, and genetic marker potential. Genome Research. 11, 1441-1452.

    Tomimura K., K. Iwashita, O. Yamada and K. Kobayashi (2009). Development of VNTR markers for three Aspergillus species used in brewing. Molecular Ecology Resources. 9, 613-615.

    Toth G., Z. Gaspari and J. Jurka (2000). Microsatellite in different eukaryotic genomes: Survey and analysis. Genome Research. 10, 967-981.

    Varga J. (2006). Molecular typing of Aspergilla: Recent development and outcomes. Medical Mycology. 44, 149-161.

    Williams, J.H., Phillips, T.D., Jolly, P.E., Stiles, J.K., Jolly, C.M. and Aggarwal, D (2004). Human aflatoxicosis in developing countries: a review of toxicology, exposure, potential health conse-quences, and interventions. American Journal of Clinical Nutrition. 80, 1106-1122.