ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG NẤM ĐẠO ÔN LÚA (Pyricularia oryzae) TẠI ĐỒNG BẰNG SÔNG HỒNG BẰNG KỸ THUẬT REP-PCR

Ngày nhận bài: 27-05-2015

Ngày duyệt đăng: 09-10-2015

DOI:

Lượt xem

1

Download

0

Số: Tập 13 Số 7 (2015)

Chuyên mục:

NÔNG HỌC

Cách trích dẫn:

Cường, H., Viên, N., Tiệp, T., Giang, H., Hoa, T., & Huy, N. (2024). ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG NẤM ĐẠO ÔN LÚA (Pyricularia oryzae) TẠI ĐỒNG BẰNG SÔNG HỒNG BẰNG KỸ THUẬT REP-PCR. Tạp Chí Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, 13(7), 1061–1069. http://testtapchi.vnua.edu.vn/index.php/vjasvn/article/view/1559

ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG NẤM ĐẠO ÔN LÚA (Pyricularia oryzae) TẠI ĐỒNG BẰNG SÔNG HỒNG BẰNG KỸ THUẬT REP-PCR

Hà Viết Cường (*) 1, 2, 3 , Nguyễn Văn Viên 2 , Trần Ngọc Tiệp 1 , Hà Giang 1 , Trần Thị Như Hoa 1 , Nguyễn Đức Huy 2

  • 1 Trung tâm Nghiên cứu Bệnh cây Nhiệt đới, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 2 Khoa Nông học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
  • 3 Bộ môn Bệnh cây, Khoa Nông học, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

    • Từ khóa

    Đạo ôn, Đồng bằng sông Hồng, lúa, Pyricularia oryzae, Rep-PCR, Việt Nam

    Tóm tắt


    Kỹ thuật PCR dùng mồi thiết kế trên các chuỗi lặp (Rep-PCR, repetitive sequence primed PCR) với 3 bộ mồi được thiết kế trên các chuỗi lặp của vi khuẩn gồm chuỗi lặp đối song vùng không mã hóa (REP, repetitive extragenic palindromic), chuỗi lặp bảo thủ vùng liên gen (ERIC, enterobacterial repetitive intergenic consensus) và chuỗi BOX đã được sử dụng để đánh giá mức độ đa dạng di truyền của 22 mẫu nấm đạo ôn (Pyricularia oryzae) thu thập trên lúa vụ xuân năm 2012 tại Đồng bằng sông Hồng. Phản ứng PCR dùng bộ mồi REP đã tạo nhiều băng sản phẩm đa hình. Phân tích Rep-PCR đã chứng tỏ quần thể nấm đạo ôn Đồng bằng sông Hồngrất đa dạng về di truyền giống như các công bố trước đây. Không có mối liên hệ rõ rệt giữa các nhóm nấm được xác định dựa trên phân tích Rep-PCR và các đặc điểm khác của nấm như màu sắc tản nấm, địa điểm thu thập và chủng nấm.

    Tài liệu tham khảo

    Abdollahzadeh, J., and S. Zolfaghari (2014). Efficiency of rep-PCR fingerprinting as a useful technique for molecular typing of plant pathogenic fungal species: Botryosphaeriaceae species as a case study. FEMS microbiology letters, 361: 144 - 157.

    Correll, J., T. Harp, J. Guerber, R. Zeigler, B. Liu, R. Cartwright, and F. Lee (2000). Characterization of Pyricularia grisea in the United States using independent genetic and molecular markers. Phytopathology 90: 1396 - 1404.

    Don, L. D., Y. Tosa, H. Nakayashiki, and S. Mayam (1999). Population Structure of the Rice Blast Pathogen in Vietnam. Ann. Phytopathol. Soc. Jpn., 65: 475 - 479.

    Doyle, J. J., and J. L. Doyle (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19: 11 - 15.

    Ebadi, M., H. Riahi, and R. Zare (2014). Genetic diversity of Fusarium semitectum isolates from rice, using RAPD and REP-PCR markers. Mycologia Iranica, 1: 19 - 26.

    Ferrater, J (2003). Analysis of genetic variation in strains of Cercospora canescens Ellis and Martin, the cause of leaf spot of mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) using Rep-PCR.

    George, M., R. Nelson, R. Zeigler, and H. Leung. 1998. Rapid population analysis of Magnaporthe grisea by using rep-PCR and endogenous repetitive DNA sequences. Phytopathology 88: 223 - 229.

    Gillings, M., and M. Holley (1997). Repetitive element PCR fingerprinting (rep‐PCR) using enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) primers is not necessarily directed at ERIC elements. Letters in Applied Microbiology, 25: 17 - 21.

    Gurel, F., G. Albayrak, O. Diken, E. Cepni, and B. Tunali (2010). Use of Rep‐PCR for Genetic Diversity Analyses in Fusarium culmorum. Journal of phytopathology, 158: 387 - 389.

    Javan-Nikkhah, M., B. Mcdonald, S. Banke, and G.-a. Hedjaroude (2004). Genetic structure of Iranian Pyricularia grisea populations based on rep-PCR fingerprinting. European journal of plant pathology, 110: 909 - 919.

    Kachroo, P., S. Leong, and B. Chattoo (1994). Pot2, an inverted repeat transposon from the rice blast fungus Magnaporthe grisea. Molecular and General Genetics MGG, 245: 339 - 348.

    Kato (1993). Plant disease, 77: 1211 - 1216.

    Komatsu, T., A. Sumino, and K. Kageyama (2001). Characterization of Verticillium dahliae isolates from potato on Hokkaido by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and REP-PCR analyses. Journal of General Plant Pathology, 67: 23 - 27.

    Kumar, J., R. Nelson, and R. Zeigler (1999). Population structure and dynamics of Magnaporthe grisea in the Indian Himalayas. Genetics, 152: 971 - 984.

    Le, M. T., T. Arie, and T. Teraoka (2010). Population dynamics and pathogenic races of rice blast fungus, Magnaporthe oryzae in the Mekong Delta in Vietnam. Journal of General Plant Pathology, 76: 177 - 182.

    Levy, M., J. Romao, M. A. Marchetti, and J. E. Hamer (1991). DNA fingerprinting with a dispersed repeated sequence resolves pathotype diversity in the rice blast fungus. The Plant Cell Online, 3: 95 - 102.

    Matsumoto, M (2014). Distribution analysis of population structures for Rhizoctonia solani AG-1 IA in Japanese paddy field, using rep-PCR assay. Archives of Phytopathology and Plant Protection, 47: 1082 - 1088.

    Matsumoto, M., and H. Cuong (2014). Genetic characterization of the rice sheath blight pathogen Rhizoctonia solani AG1-IA in North Vietnam by rep-PCR and sequence analysis. Journal of Plant Pathology, 96: 377 - 380.

    Motallebi, P., M. Javan-Nikkhah, and S. Okhovvat (2013). Characterization of Magnaporthe grisea populations associated with rice and weeds in Iran. Australasian Plant Pathology, 42: 693 - 700.

    Muiru, W., B. Koopmann, A. Tiedemann, E. Mutitu, and J. Kimenju (2010). Use of repetitive extragenic palindromic (REP), enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) and BOX sequences to fingerprint Exserohilum turcicum isolates. Journal of Applied Biosciences, 30: 1828 - 1838.

    Palencia, E. R., M. A. Klich, A. E. Glenn, and C. W. Bacon (2009). Use of a rep-PCR system to predict species in the Aspergillus section Nigri. Journal of microbiological methods, 79: 1 - 7.

    Prabhu, A. S., L. G. Araújo, G. B. Silva, and M. G. Trindade (2007). Virulence and rep-PCR analysis of Pyricularia grisea isolates from two Brazilian upland rice cultivars. Fitopatologia Brasileira, 32: 13 - 20.

    Purkayastha, S., B. Kaur, P. Arora, I. Bisyer, N. Dilbaghi, and A. Chaudhury (2008). Molecular Genotyping of Macrophomina phaseolina Isolates: Comparison of Microsatellite Primed PCR and Repetitive Element Sequence‐based PCR. Journal of phytopathology, 156: 372 - 381.

    Rademaker, J., F. Louws, J. Versalovic, F. De Bruijn, G. Kowalchuk, I. Head, A. Akkermans, and J. van Elsas (2004). Characterization of the diversity of ecologically important microbes by rep-PCR genomic fingerprinting. Molecular microbial ecology manual. 1 + 2: 611 - 643.

    Thuan, N. T. N., J. Bigirimana, E. Roumen, D. Van Der Straeten, and M. Höfte (2006). Molecular and pathotype analysis of the rice blast fungus in North Vietnam. European journal of plant pathology, 114: 381-396.

    Toda, T., M. Hyakumachi, and D. K. Arora (1999). Genetic relatedness among and within different Rhizoctonia solani anastomosis groups as assessed by RAPD, ERIC and REP-PCR. Microbiological research, 154: 247 - 258.

    Versalovic, J., T. Koeuth, and R. Lupski (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to finerpriting of bacterial enomes. Nucleic acids research, 19: 6823 - 6831.

    Versalovic, J., M. Schneider, F. J. De Bruijn, and J. R. Lupski (1994). Genomic fingerprinting of bacteria using repetitive sequence-based polymerase chain reaction. Methods in molecular and cellular biology, 5: 25 - 40.

    Zeigler, R. S. (1998). Recombination in Magnaporthe grisea. Annual review of phytopathology, 36: 249 - 275.